بعد استقالة الشيخ "الخضر" من مشيخة الأزهر تفرَّغ للبحث والكتابة والمحاضرة حتى وافاه الأجل، فانتقل إلى جوار ربه مساء الأحد الموافق (١٣ من رجب ١٣٧٧ هـ = ٣ من فبراير ١٩٥٨ م)، فشيَّعه العلماء وعارفو فضله ونضاله في مشهد مهيب، ودُفن في مدفن الأسرة التيمورية مع صديقه "أحمد تيمور" باشا.
* مصادر الشخصية:
= علي عبد العظيم - "مشيخة الأزهر منذ إنشائها حتى الآن" -الهيئة العامة لشؤون المطابع الأميرية- القاهرة (١٣٩٩ هـ = ١٩٧٩ م).
= محمد عبد المنعم خفاجى - "الأزهر في ألف عام" - عالم الكتب - ببيروت (١٤٠٨ هـ = ١٩٨٨ م).
= محمد رجب البيومي - "النهضة الإسلامية في سير أعلامها المعاصرين" - دار القلم - دمشق (١٤١٥ هـ = ١٩٩٥ م).
= محمد مهدي علام - "المجمعيّون في خمسين عاماً" - مطبوعات مجمع اللغة العربية - القاهرة (١٤٠٦ هـ = ١٩٨٦ م).
= محمد عمارة - "معركة الإسلام وأصول الحكم" - دار الشروق - القاهرة (١٤١٠ هـ = ١٩٨٩ م).