ورغب -رحمه الله تعالى- في الانتظام في سلك علماء الأزهر، فتقدم لامتحان الشهادة العالمية -وهو العالم المشهود له بعلمه من العلماء-، فقام على امتحانه لجنة برئاسة العلامة الشيخ عبد المجيد اللبان، وكانت اللجنة كلما اكتشفت آفاق علمه، زادت في المناقشة، وتخرّج على يديه واستفاد بعلمه كثير من الحذاق.
وفي سنة ١٣٤٤ هـ كتب ردّاً قوياً دفع به شُبه كتاب "الإسلام وأصول الحكم" سمَّاه: "نقض كتاب الإسلام وأصول الحكم"، وفي شهر واحد نفدت طبعته؛ لشدة الإقبال عليها، ثم كتب رداً قوياً على كتاب "في الشعر الجاهلي"، سمَّاه:"نقض كتاب الشعر الجاهلي".
وتسابق أصحاب المجلات الإسلامية إليه للكتابة على صفحاتها، فكتب في مجلات "نور الإسلام"، و"الأزهر"، و"الهداية الإسلامية"، و"الشبان المسلمين"، و"لواء الإسلام".
وأسس جمعية إسلامية كبرى اسمها:(جمعية الهداية الإسلامية) ضمت العديد من علماء الأزهر، وكان يقضي كثيراً من الليل بها في محاضرة الشباب وأهل الفضل بأساليبه البليغة السهلة، وتقريره الحسن، وقد جمع الكثير من محاضراته هذه في كتابه "رسائل الإصلاح" الذي طبع في ثلاثة أجزاء.
وعندما أسس (مجمع اللغة العريية) بالقاهرة، كان المترجَم له من أقدم أعضائه، وكتب في مجلته، وساهم في نشاطه إسهاماً ملموساً، وله بحوث وقصائد في الدفاع عن اللغة العربية، وبيان أسرارها، وعرض جوهرها، وانتخب عضواً مراسلاً بالمجمع العلمي العربي بدمشق.
وواصل السيد محمد الخضر حياته في الخطابة والمحاضرات، والكتابة