وأشرف على توجيهه وتعليمه وتثقيفه، وكان الشيخ الخضر يعترف بذلك، ويذكره باعتزاز في أكثر من مناسبة، ومنها قوله:"من أعزها ما تشرفت به من قلم أستاذي الذي شبّت في طوق تعليمه فكرتي، وتغديت بلبان معارفه من أول نشأتي، العلامة الهمام القدوة، خالنا الشيخ سيدي محمد المكي بن عزوز".
وفي سنة ١٨٨٦ م انتقلت عائلة الشيخ الخضر من "نفطة" إلى تونس للإقامة الدائمة، ويبدو أن سبب هذا الانتقال يعود إلى رغبة والدة الشيخ الخضر في أن يواصل أبناؤها تعليمهم في جامع الزيتونة الذي كان محطة أنظار طالبي العلم. وأن يتعمقوا في معارفهم وعلومهم خاصة، منهم: الشيخ الخضر الذي كانت تلوح منه سمات الذكاء والتفوق منذ صغره، والذي بدأ يقول الشعر وهو في الثانية عشرة من عمره، وكانت والدته تتوسم فيه العظمة والنجاح، وتغني له وهو صغير قائلة:
يا رب الأكبر ... خلّيلي محمد الأخضر
في الجامع الأزهر ... يعود يقزي وأنا حيّة
التحق الشيخ الخضر بجامع الزيتونة وهو في الرابعة عشرة من عمره؛ أي: بعد سنة من استقرار عائلته بتونس.
وبعد إحدى عشرة سنة من الدرس والجهد والتحصيل في علوم الدين واللغة والأدب، وهي المواد التي كانت متداولة بصفة عامة في جامع الزيتونة لذلك الوقت، وبواسطة علماء بارزين، ومن بينهم: الشيخ المكي بن عزوز، بعد هذه المدة تحصَّل الشيخ الخضر على شهادة (التطويع)، وهي شهادة يستطيع حاملها أن يكون مدرساً في جامع الزيتونة، أو أن ينال مناصب علمية أو