العسكرية حكمها بالإعدام، والاستيلاء على مكاسبه بدعوى التعاون مع العدو، فلم تجد عند الشيخ إلا بعض كتب، وعمل مع رفقائه في الهجرة كل من العلامة الشيخ إسماعيل الصفايحي، وصالح الشريف في إسطنبول، واستقر في مصر بالقاهرة المعزية، وهناك اعترف له بمكانته العلمية وقدر نبوغه، ودرج في سلم العلم والتدريس، وزاول تدريس التفسير للقرآن الكريم، وأصول الدين، حتى أصبح بحق ضمن هيئة كبار علماء مصر، واحد رجال مجتمعها الأفذاذ، وهو الذي عمل لبلاده في الحقل الوطني من الرعيل الأول.
وهو مثل: جمال الدين الأفعاني، ورشيد رضا، ومحمد عبده، وشكيب أرسلان، وعبد العزيز الثعالبي، ورفيقه وزميله العلامة الشيخ الطاهر بن عاشور.
وكان ركناً من أركان الصحافة، فقد أسس بتونس مجلة "السعادة العظمى"، وكان داهية من أبرز الأفذاذ الذين دعوا إلى الوحدة العربية الإِسلامية في عدة مناسبات، وفي عدة هيئات.
ورغم عمله العلمي لفائدة مصر والأزهر، فقد كان دائماً يحن لبلاده، ويعلن زورته لتونس، له بها أهل وأقارب، وأخ هو الشيخ المكي بن الحسين، أحد رجالات الأدب والانقطاع إلى العلم، كما له أخ ثانٍ هو العلامة المبرز هو مثله في أعماله العلمية، وهو الأستاذ زين العابدين بن الحسين، مكون جيل كامل، وكان أكبر موجه ونبراس العلم في مدينة دمشق الشقيقة التي استقر بها نصف قرن أيضاً، وعمل بها للعلم وأهله -أطال الله عمره-.
ورجلنا هو الذي وقع عليه الاختيار في مبدأ الانقلاب المصري، والقضاء