أشار العلامة محمد الخضر حسين إلى مراحل حياته في مناسبات عديدة، وهي ثلاثة:
- المرحلة التونسية:
وقد امتدت طيلة ٤٠ سنة، من ولادته بمدينة "نفطة" بالجريد سنة ٨٧٣ م إلى هجرته النهائية إلى المشرق العربي سنة ١٩١٢ م.
وقد قال العلامة محمد الفاضل بن عاشور عن هذه المرحلة التأسيسية لشخصية صاحبنا:
تميزت هذه المرحلة الأولى من حياته التي قضاها بتونس بالتعلم والتثقف، فتكونت شخصيته، ونضجت أفكاره، واشتهر في الأوساط العلمية باعتداله، وهدوء طبعه، وخلوص نيته، وسعة علمه، وبراعة قلمه.
ولئن باشر التدريس بالجامع الأعظم خلال هذه المرحلة، وكذلك بالمعهد الصادقي، وتقلد خطة القضاء بمدينة "بنزرت" تلبية لطلب صديقه الحميم العلامة محمد الطاهر بن عاشور، ثم استقال منها سريعاً؛ لعدم تلاؤم شخصيته وبيئته العائلية والعلمية مع ضوابط الوظائف الرسمية وحدودها، وانشغاله الأساسي بالعلم والأدب والثقافة درساً وتعلماً وتعليماً.
لئن قام بكل ذلك وبغيره خلال هذه المرحلة التونسية، فإننا نعتقد -تأكيداً لما قاله العلامة محمد الفاضل بن عاشور- أن من أهم ما يستحق الإشادة والذكر في هذه المناسبة الخمسينية: