قابل الوطنيون هذا الاحتلال بحزن وجزع بالغين، وقامت بعض المدن والقبائل في وجه جيش الاحتلال، واستمر دفاعهم حيناً، ولكنهم لم يجدوا مدداً يساعدهم على إطالة مدة الحرب، فاستطاع جيش الاحتلال أن يلجئهم بكثرة عدده، وإطلاق مدافعه إلى التسليم.
* معاهدة المرسى:
رأت فرنسا أن معاهدة "باردو" تسمح لها بأن تبسط نفوذها في كل شأن من الشؤون الداخلية، فعزرتها بمعاهدة ثانية، وقدمتها إلى المرحوم علي باي للتوقيع، وتعريبها:
١ - الفصل الأول: لما كان مراد حضرة الباي المعظم أن يسهل للحكومة الفرنسية إتمام حمايتها، تكفل بإجراء الإصلاحات الإدارية والعدلية والمالية التي ترى الحكومة المشار إليها فائدة في إجرائها.
٢ - الفصل الثاني: الحكومة الفرنسية تضمن قرضاً يعقده حضرة الباي المعظم لتحويل، أو لدفع الدين الموحد البالغ ١٢٥ مليون فرنك، والدين السائر الذي لا يمكن أن يتجاوز قدره ١٧٥٥٠٠٠٠ فرنك، ولكنها هي التي تختار الزمن والشروط الموافقة لذلك، وقد تعهد حضرة الباي المعظم أن لا يعقد قرضاً في الاستقبال لحساب الإيالة التونسية دون الحكومة الفرنسية.
٣ - الفصل الثالث: يأخذ حضرة الباي من مداخيل الإيالة أولاً: المبالغ اللازمة للقيام بمقتضيات القرض الذي تضمنه فرنسا، ثانياً: راتبه السنوي الملكي، وقدره ١٢٠٠٠٠٠ فرنك، وما زاد على ذلك يعين بمصاريف إدارة الإيالة ودفع مصاريف الحماية.