وعدّهم الشيخ ابن تيمية من الفرق الضالة، فقال في "العقيدة الأصفهانية": ولهؤلاء القرامطة صنعت "رسائل إخوان الصفاء"، وهم الذي يقال لهم: الإِسماعيلية.
وقال في "بغية المرتاد": وكذلك سلك الإِسماعيلية الباطنية في رسائلهم الملقبة برسائل إخوان الصفاء.
ويدلك على أن مؤلفيها من الشيعة الباطنية: كثرة تملقهم لقارئ رسائلهم بمدحه، والدعاء له، وتظاهرهم بشدة الخضوع لله، والتقوى، ويدمجون في أثناء ذلك الاستشهاد بالآيات على ما يشاؤون، ويحرفونها تارة عن مواضعها؛ كتأويلهم في الجزء الأول من "الرسالة الجامعة" لقوله تعالى: {فَقِنَا عَذَابَ النَّارِ}[آل عمران: ١٩١]، يعني: عذاب الشك في الدين. فأظهروا بهذا التأويل أنهم على اعتقاد في الدين متين، ولم ينظروا إلى ما يقتضيه لفظ القرآن من أن المراد من عذاب النار: عذاب الحريق. ولهذه التأويلات لهم لم تَرُج بضاعتهم عند من يؤمن بأن القرآن من عند الله العزيز الحكيم.