وقد كان شيخنا الخضر بالمرصاد لكل من تحدثه نفسه بالخروج عن المبادئ السليمة التي آمن بها، ولذا فقد ألف كتابه الآخر:"نقض كتاب في الشعر الجاهلي" رداً على طه حسين.
وكان كتابه هذا -أيضاً- من أحسن ما كُتب في الردّ على طه حسين، الذي اعترف بأنّ كتاب الشيخ الخضر أهم الردود، وأشدّها حجّة ضدّه؛ كما نقل عنه ذلك الشيخ الفاضل ابن عاشور.
وقد كتب شيخنا محمد الخضر نقداً آخر لطه حسين يرد به على البحث الذي قدّمه في مؤتمر المستشرقين بجامعة أكسفورد تحت عنوان:"حقيقة الضمير الغائب في القرآن"، وهو يقول في ردّه:
إنّ المحاضرة كانت طائشة الوثبات، كثيرة العثرات، وإنّ المحاضر وضع لمحاضرته أساساً خرباً، فكان ما بناه عليه متداعياً للسقوط متخاذلاً.
على أن الشيخ محمد الخضر لم يكف عن ملاحقة الشيخ علي عبد الرازق، وصد حركاته، والرد عليه كلما ظهر له نشاط علمي.
فقد نشر الشيخ علي عبد الرازق سنة (١٣٤٦ هـ / ١٩٢٧ م) مقالاً في جريدة "السياسة" الأسبوعية عرّض فيه بالأشخاص الذين يتمسحون بالأعتاب، ويعظمون بعض أصحاب السلطة والنفوذ، وقال: إن الرسول الكريم - عليه أفضل الصلاة والتّسليم - لم يكن ملكاً، ولا ثرياً، ولا فيلسوفاً، ولا فاتحاً عظيماً، ولا مخترعاً، وإنما تبدو عظمته في كلمة التوحيد: لا إله إلا الله.
فرد عليه الشيخ الخضر بمحاضرة تحت عنوان:"العظمة" ألقاها بعد شهر واحد من ظهور مقال الشيخ علي، وطبعت عامها بالمطبعة السلفية