وللشيخ محمد الخضر حسين يرجع الفضل في تكوين جمعية (تعاون جاليات إفريقية الشمالية) في مصر قبل حوالي عام ١٩٢٤ م، وكان يرأس هذه الجمعية بنفسه، وهدفها: رفع مستوى تلك الجاليات من الناحيتين الثقافية والاجتماعية.
غير أن هذه الجمعية لم تعش طويلاً؛ لأن استعماراً ثلاثياً: إيطالياً، وفرنسياً، وإسبانياً كان لها بالمرصاد، فقضى عليها في سنواتها الأولى.
وللفقيد الكبير -عدا كتابيه السالفي الذكر- محاضرات، ورسائل عديدة مطبوعة ومتداولة، وهو كاتب بليغ، وله ديوان شعر مطبوع، وقد اشتهر بمقالاته وبحوثه في كبرى المجلات الإسلامية.
وعندما صدرت مجلة "لواء الإسلام" لصاحبها الوزير السابق الأستاذ أحمد حمزة، كان الشيخ الخضر يرأس تحريرها، وظل بها إلى عين شيخاً للأزهر، ثم استأنف نشر مقالاته فيها بعد تنحيه من المشيخة، وآخر مقالاته فيها في جزء رجب الأخير.
كما كان عضواً في (مجمع اللغة العربية) بمصر منذ إنشائه قبيل الحرب العالمية الثانية.
وكتب الأستاذ أنور الجندي عن محمد الخضر حسين يقول:
"كان نظام التعليم في المعهد الزيتوني من أسباب تنافس أصحاب المذهبين: المالكي، والحنفي في ميدان العلم، وقد أخرج جامع الزيتونة فقهاء يعتزون بعلمهم، ويزهدون في المناصب، أدركت من هؤلاء فقهاء وأساتذة بلغوا الغاية في سعة العلم، وتحقيق البحث؛ مثل: عمر بن الشيخ، وأحمد بن الخوجة، ومحمد النجار، ومن نظر في فتاوى هؤلاء الأساتذة،