منها ثلاثة أجزاء، وتتناول جملة كبيرة من بحوثه في الدين والأخلاق، والتراجم والتاريخ، وأصول الفقه، والأحكام العملية، والسيرة النبوية. وقد طبع هذه الأجزاء في القاهرة بدءاً من عام ١٩٣٨ م.
ثم طبعه ابن أخيه بعد وفاته بعد تغيير في ترتيبه:
"الحرية في الإسلام" طبع في تونس سنة ١٩٠٩ م، ثم طبع في تونس -أيضاً- سنة ١٩٧٢ م ضمن منشورات دار المغرب العربي:
"الدعوة إلى الإصلاح" تونس ١٩١٠ م، ثم أعيد طبعه منقحاً في القاهرة سنة ١٩٢١ م.
"طائفة القاديانية" القاهرة ١٩٣٢ م.
"علماء الإسلام في الأندلس" القاهرة ١٩٢٨ م.
و"نقض كتاب الإسلام وأصول الحكم" الذي مر ذكره.
وثمة كتاب عنوانه:"تراجم الرجال" تونس ١٩٧٢ م مجموعة مقالات ترجم فيها لعدد من أعلام الإسلام.
كتب عن الشيخ محمد الخضر الحسين كلٌّ من: أحمد تيمور، الفاضل ابن عاشور، حسن حسني عبد الوهاب، أبو القاسم محمد كرو، محمد مواعده، والأخيران خصَّه كلُّ واحد منهما بكتاب يرأسه.