وقد رثاه الشيخ المكي بن مصطفى بن عزوز بأبيات بدأها بقوله:
ما ثمَّ موعظةٌ لكلِّ مشاهدِ ... مثلُ المنيةِ وهي أرصدُ راصِدِ
خلّف الشيخ الحسين أبناء، أشهرهم: الشيخ زين العابدين، والشيخ الأكبر إمام الأزهر محمد الخضر، والعلامة اللغوي محمد المكي.
ومن أشهر أبناء الشيخ: زين العابدين الكاتب الأديب، الشاعر الدمشقي علي الرّضا الحسيني، الذي طبع كافة مؤلفات والده وعمّيه المذكورين، وله دواوين شعر عديدة، ومسرحيات، ومجموعات قصص، وبحوث أخرى، وكتب حول زوايا وعلماء أسرة الشيخ علي بن عمر، منها:
- "من أوراق ومذكرات الإمام محمد الخضر حسين".
- "من أقوال محمد الخضر حسين".
- "الإمام محمد الخضر حسين بأقلام نخبة من أهل الفكر".
- "كتابات حول الإمام محمد الخضر حسين".
- "صفحات من سيرة محمد الخضر حسين وأخويه زين العابدين ومحمد المكي".