في مسجد (الفاتح). وفي الشام وشى به بعضهم وشاية سياسية إلى جمال باشا، فاعتقله ستة أشهر و ١٤ يوماً، ثم ظهرت براءته فأفرج عنه.
ثم نزل مصر، ومع تحاميه الإعلان عن نفسه، فإن عارفي فضله ونبله أحلّوه المحل اللائق بكرامته، وانتدب للعمل خمسة أعوام في دار الكتب المصرية، فانتهز الفرصة، وألقى على بعض الكتب القديمة نظرات دقيقة، واستخرج منها ما لم يفقه إليه أحد قبله، وتقدم لامتحان العالمية الأزهرية، فنال شهادتها بتفوق.
وللسيد الخضر مؤلفات جمّة، منها: حياة اللغة العربية - الخيال في الشعر العربي- الدعوة إلى الإصلاح - مدارك الشريعة الإِسلامية - نقض كتاب "الإسلام وأصول الحكم" - وشرح وجيز على كتاب "الموافقات" للشاطبي - نقض كتاب "في الشعر الجاهلي" - تعليقات على "شرح القصائد العشر" للتبريزي ... إلخ.
وكانت له اليد الطولى في إنشاء "جمعية الشبان المسلمين" بالقاهرة، وأنشأ "جمعية الهداية الإسلامية" ويتولى تحرير مجلتها، وإدارة شؤونها، ويرأس الآن تحرير مجلة "نور الإسلام" الأزهرية، ويدرّس في كلية أصول الدين بقسم التخصص.
ولا جدال في أن تجنيس السيد الخضر بالجنسية المصرية غنم لمصر، وجوهرة يزدان بها تاج علماء الدين.