وفي سنة ١٩١٢ شارك في مناظرة التدريس من الطبقة الأولى بجامع الزيتونة، وحرم من النجاح باطلاً وعدواناً، فحز في نفسه أن تكون سياسة الظلم والمحاباة مسيطرة على الحياة العلمية بتونس. وبدأ منذ هذه الحادثة يفكر في الهجرة نهائياً إلى الشرق.
في سنة ١٩١٥ رحل إلى المشرق، واستقر بدمشق، وعين أستاذاً في المدرسة السلطانية؛ حيث مكث إلى سنة ١٩١٧، وتحول إلى تركيا وألمانيا، ثم عاد إلى دمشق. وفي سنة ١٩٢١ أصدرت السلطات الاستعمارية حكم الإعدام غيابياً على الشيخ محمد الخضر حسين إثر قيامه في ألمانيا بتحريض المغارية والتونسيين على الثورة ضد المستعمر.
وفي سنة ١٩٢٢ انتقل إلى مصر لاجئاً سياسياً، وتولى بجامعها الأزهر خطة التدريس، وأسس (رابطة تعاون جاليات إفريقيا الشمالية)؛ كما أسس (جبهة الدفاع عن إفريقيا الشمالية) التي قامت بدور فعال في توجيه نضال أبناء المغرب العربي. وأسس (١٩٢٨) جمعية الهداية الإسلامية، وتولى رئاستها، وإدارة مجلتها، والتحرير فيها. كما تولى رئاسة تحرير كثير من المجلات الدينية التي أصدرها الأزهر؛ مثل: مجلة "نور الإسلام"، ومجلة "لواء الإسلام". وفي سنة ١٩٥٢ أسندت إليه مشيخة الجامع الأزهر، وكان قبل تقليده ذلك المنصب أنشأ مجلة "الأزهر" تصدى فيها للدفاع عن الأزهر الشريف.
* أشهر كتبه:
"حياة اللغة العربية" تونس ١٩٠٩، "الحرية في الإسلام" تونس ١٩٠٩، "الدعوة إلى الإصلاح" تونس ١٩١٠، والقاهرة ١٩٢١، "الخيال في الشعر