وزارة المعارف، وكان يعرف الشيخ محمد الخضر عن قرب، عينه مصححاً في دار الكتب بمرتب شهري قدره تسعة جنيهات وكان مدير دار الكتب في ذلك الوقت أحمد صادق بك.
* بحر لا ساحل له:
وفي سنة ١٩٢٢، شاء القدر أن يفتح أبوابه للاجئ الوحيد، ليدخره في جعبته، ويحمله بعد ثلاثين عاماً إلى كرسي المشيخة.
وشاء القدر أن يهيئ الفرصة أمامه، فيتعرف على المرحوم أحمد تيمور باشا، الذي كان حينئذ صديقاً للسراي. ومقرباً من المغفور له محمد توفيق نسيم باشا، واستعمل أحمد تيمور نفوذه ليهيئ للشيخ فرصة الامتحان، وهي كل ما كان يطلبه.
وتم للشيخ ما أراد، ووافق الأزهر على أن يتقدم الشيخ محمد الخضر لامتحان العالمية، وتشكلت لجنة من قساة الممتحنين ليؤدي امتحانه أمامها، وبهر الرجل الممتحنين بغزارة علمه، وفاض عليهم بما وهبه الله من معرفة.
ونال الشيخ شهادة العالمية من الأزهر، ونص في القرار على أن اللجنة (امتحنت الشيخ محمد الخضر فوجدته بحراً لا ساحل له ...).
ثم عين مدرساً بتخصص كلية أصول الدين، ورئيساً لتحرير مجلة نور الإسلام (وهي مجلة الأزهر الآن) وظل يلقن دروس الدين والسياسة الشرعية في كليات الأزهر إلى أن أحيل إلى المعاش.
* عضو في جماعة كبار العلماء:
وكانت الخطوة الباقية أن يدخل الشيخ عضواً في جماعة كبار العلماء، وفي سبيل ذلك قدم رسالة موضوعها (القياس في اللغة العربية) حوت بحثاً