- وعندما أصدر الأزهر مجلته، التي بدأت باسم "نور الإسلام" في سنة (١٣٤٩ هـ، ١٩٣٠ م) عهد إلى الشيخ الخضر برئاسة تحريرها، فنهض بهذه المهمة من عددها الأول (محرم سنة ١٣٤٩ هـ، مايو سنة ١٩٣٠ م) حتى عدد ربيع الآخر سنة (١٣٥٢ هـ، يوليو سنة ١٩٣٣ م) عندما استقال من رئاسة تحريرها، رافضاً التعاون مع الأستاذ محمد فريد وجدي (١٢٩٥ - ١٣٧٣ هـ , ١٨٧٨ - ١٩٥٤ م) الذي عين -دون إذن الشيخ الخضر- مديراً لتحرير المجلة، وكان بينهما جدل فكري يومئذ في الصحف والمجلات، ولم تفلح وساطة الشيخ الظواهري (١٢٩٥ - ١٣٦٣ هـ، ١٨٧٨ - ١٩٤٤ م) -شيخ الأزهر- في أثنائه عن الاستقالة، وكان معاشه -يومئذ- أقل من خمسة جنيهات؟! لكن نشاطه تواصل في التدريس بكلية أصول الدين.
* في المجمع اللغوي:
- وعندما تكون "مجمع اللغة العربية" بالقاهرة في سنة (١٣٥١ هـ , سنة ١٩٣٢ م) من عشرين عضواً عاملاً، كان الشيخ الخضر واحداً من أقدم هؤلاء الأعضاء، ومن أكثرهم إنتاجاً، فلقد شارك في كثير من لجان المجمع العلمية، من مثل: لجنة اللهجات، ولجنة الآداب والفنون الجميلة، ولجنة دراسات معجم (فيشر)، ولجنة الأعلام الجغرافية، ولجنة الأصول، ولجنة معجم ألفاظ القرآن الكريم، ولجنة المساحة والعمارة، ولجنة المعجم الوسيط، الأمر الذي يعكس وزنه العلمي، وثقله الفكري، وثقافته الموسوعية، وجهده الدؤوب في خدمة الفكر.
كذلك نشرت له مجلة المجمع العديد من الأبحاث، من مثل: