وعندما هاجرت والدة الشيخ الخضر بأبنائها إلى دمشق، كان في استقبالهم عمنا الشيخ قدور خمار الذي كان قد سبقهم بالهجرة إلى تلك الديار سنة ١٩٠٩، وكانت تربطه بعائلة الشيخ الحسين بن علي بن عمر علاقة قرابة ونسب، حيث كانت شقيقته متزوجة من أحد أفراد عائلتهم بطولقة، ثم بعد ذلك تزوج عمنا من بنات الشيخ العروسي شقيق الشيخ الخضر.
نشير إلى أن الشيخ الخضر عندما التحق بعائلته في دمشق، قد عاد إلى تونس بعد خمسة أشهر تقريباً أمضاها في عدة رحلات إلى سورية ولبنان وتركيا، وقام خلالها باتصالات كثيرة، وأنشطة ثقافية هامة، ولكنه عندما عاد إلى تونس، لم يطب له المقام؛ للمضايقات والتحرشات الاستعمارية التي وجدها، بالإضافة إدى فراغ الجو العائدي الذي أحس به، فعاد إدى سورية بعد شهرين فقط من مكوثه، واستقر بها، بعد أن ترك زوجته التونسية التي رفض أهلها مرافقتها له، وتزوج من دمشق، واستقر بها.
وقد لقي الشيخ الخضر في سورية كل تكريم وإجلال، وتولّى التدريس بالمدرسة السلطانية التي درس بها قبله عدد كبير من العلماء، من بينهم: الشيخ الإمام محمد عبده، كما كان يلقي المحاضرات في الجامع الأموي وغيره من الأماكن المشهورة، وكان يلتف حوله عدد كبير من الشخصيات العلمية والسياسية البارزة، وفي طليعتهم أبناء الجالية الجزائرية في سورية، وأبناء وأحفاد الأمير عبد القادر الجزائري، وذلك لطيب معشره، وارتفاع مكانته العلمية والعائلية، ولشهرته الواسعة التي كانت تعم البلاد العربية والإسلامية، خاصة بعد انتشار مؤلفاته، ومجلة "السعادة العظمى"، وكتب: "الدعوة إلى