ثم قام شيخنا مع بعض زملائه بتأسيس (جمعية الهداية الإسلامية) سنة ١٩٢٨، وهي جمعية لتوحيد كلمة الشباب من أجل خدمة المجتمع والأخلاق، والاتجاه الديني الإسلامي الصحيح، كما قامت هذه الجمعية بإصدار مجلة تحمل اسمها وهي مجلة "الهداية الإسلامية"، وقد ترأس هيئتها الشيخ الخضر نفسه، ثم تأسست بعد ذلك مجلة "نور الإسلام" الأزهرية، وقد أعطيت رئاسة تحريرها للشيخ الخضرة لما كان يمتاز به من عمق التجربة، وسعة الاطلاع، وعظمة المكانة العلمية والاجتماعية في مصر، وكان ذلك سنة ١٩٣٠. وفي سنة ١٩٣٣ عيّن الشيخ الخضر بمرسوم ملكي عضواً في المجمع اللغوي مع أول هيئة مؤسسة من مشاهير العلماء في العالم.
ورغم زخارة النشاط العلصي والديني والصحفي الذي كان يقوم به الشيخ الخضر يومياً، فإن علاقته بأبناء المغرب العربي ظلت قائمة ومستمرة، وكان يقدم المساعدات والتسهيلات للمناضلين، والطلبة الوافدين إلى مصر، ثم قام أخيراً بتأسيس (جبهة الدفاع عن أفريقيا الشمالية) التي لم ينقطع نشاطها حتى قيام مكتب المغرب العربي بالقاهرة.
وفي سنة ١٩٥٠ اجتاز الشيخ الخضر امتحاناً علمياً صعباً، وتفوق فيه تفوقاً باهراً، وأحرز بامتياز على درجة الانتساب إلى (هيئة كبار العلماء)، وهي هيئة لا يصل إليها إلا المتحصلون على أعلى مراتب العلم والثقافة.
وفي سنة ١٩٥٢ اختير العلامة الشيخ الخضر لتولي منصب مشيخة الجامع الأزهر، فامتنع عن ذلك؛ نظراً لحساسية المهمة وخطورتها، وهو منصب لم يتوله غير مصري من قبل، ولكنه قبل به بعد إلحاح أصدقائه، ووفد