هجرته لخدمة الإِسلام، ولضيقه بالحياة في موطنه؛ نظراً لفظائع الفرنسيين، وسلوكهم المُعْوَجّ، ورغبةً منه أن يعيش في كَنَف دولة إسلامية.
وتولى التدريس في المدرسة العربية السلطانية في دمشق، ثم أرسلته الحكومة إلى ألمانيا لحثِّ أسرى الحرب من التونسيين والجزائريين والمراكشيين على الانضمام للجيش التركي ضد فرنسا، واستمرت رحلته في ألمانيا تسعة شهور، عاد بعدها إلى سورية، ثم الآستانة؛ حيث تولى التحرير بالقلم العربي في وزارة الحربية التركية سنة ١٩١٧ م.
* يعود مع الصلح:
وفي سنة ١٩١٨ م، في أثناء الهدنة، سافر الأستاذ الأكبر إلى ألمانيا مرة ثانية للدعاية لاستقلال البلاد العربية، وكان ممن سافروا معه على نفس الباخرة للغرض ذاته: المرحوم عبد العزيز جاويش، والدكتور عبد الحميد سعيد، واللواء يوسف مصطفى، وكان يوم وصولهم إلى ألمانيا هو يوم عقد معاهدة الصلح، فمكثوا فيها سبعة شهور، عاد بعدها الأستاذ الأكبر إلى تركيا؛ حيث اشتغل بالتدريس في المدرسة السلطانية، ثم سافر إلى دمشق، وكانت تحت الاحتلال الإِنجليزي، وظل فيها إلى أن نزل الإِنجليز عن احتلالها للفرنسيين.
* حكم الإعدام يتعقبه:
وشيخ الأزهر الحالي محكوم عليه بالإعدام، حكماً لم يصدر عنه عفو حتى الآن، ولولا هذا الحكم، ما كان لفضيلته نصيب في الجلوس على كرسي مشيخة الأزهر.
فقد أصدرت السلطات الفرنسية سنة ١٩١٦ م حكماً يقضي بإعدام الشيخ محمد الخضر حسين، والشيخ صالح الشريف من تونس؛ لاتهامهما بالتعاون