انتقل الشيخ مصطفى بن عزّوز من "طولقة" إلى مدينة "نفطة" في الجنوب التونسي سنة ١٢٥٧ هـ - ١٨٣٧ م لتأسيس زاوية علمية فيها، بناء على توجيه شيخه علي بن عمر، وتزوج الشيخ الحسين بابنة شيخه السيدةِ حليمةَ السعدية. وقامت الزاوية بتعليم القرآن والعلوم الشرعية، وأعمال الجهاد ضد المستعمر، كما تشهد بذلك الوثائق التاريخية.
ولد الإمام في مدينة "نفطة" في ٢٩ من رجب ١٢٩٣ هـ، وعرفت بالكوفة الصغرى، لما اشتهر بها من العلماء والفقهاء، واكتسب شرفَ الانتساب إلى الدوحة النبوية الطاهرة من الجهتين: أبيه، وأمه:
نالَ الوصولَ بآلِ بَيْتِ مُحَمَّدٍ ... شَرَفاً فما لي في صِفاتهِ أُطنِبُ
بدأ في تعلّم القرآن وحِفْظِه في الخامسة من عمره، وتلقى العلوم الشرعية على أيدي كبار الشيوخ، وساهمت والدته في تربيته، كما يروي عن محفوظاتها في المعارف الإسلامية.
في دَوْحَةِ التّقوى وفي أَظْلالِها ... يُسْقى منَ العِلْم الرّفيعِ وَيشْرَبُ
انتقلت العائلة إلى مدينة تونس، ودخل الإمام الجامع الأعظم جامعَ الزيتونة في ٤ من شهر رجب ١٣٠٧ هـ، وحصل على شهادة التطويع يوم الأحد ١٤ صفر عام ١٣١٦ هـ، وأخذ عن كبار شيوخه؛ كالشيخ سالم بو حاجب، وعمر بن الشيخ، وأحمد بو خريص، وخالهِ الشيخ محمد المكي بن عزوز، والشيخ محمد بن يوسف، والطيب النيفر.