ما كتبه أهم أعلام التفسير، سواء ممن سبقه، أو من عاصره، وهو -كما ذكرنا سابقاً- يُمضي أغلب أوقاته في القراءة والاطلاع على أمَّهات الكتب، وهو ما يوضِّح بصورة جلية تنوُّع مصادر الشيخ في التفسير وثراءَها.
ثانياً - مصادره في تفسير القرآن الكريم:
كان الشيخ يستند في تفسيره للقرآن الكريم على كتاب الله تعالى ذاته؛ إيماناً منه بأنه مصدر للتفسير؛ باعتبار أن ما أُجمل في موضع قد فُصِّل في موضع آخر، وما أُبهم في آية قد عُيِّن في آية أخرى ...
وكان يستند -أيضاً- إلى سنة رسول الله - صلى الله عليه وسلم -، وبيان السلف من الصحابة والتابعين استنادَه إلى أساليب اللغة والبلاغة، وما كتبه المفسرون، ولكنه لم يُلْغ عقله، بل كان يضع هذه المصادرَ والمراجعَ كلَّها أمام نظره.
وقد كان الخضر حسين ينهج في الإشارة إلى مصادره ومراجعه الطرقَ التالية: إما أن يصرِّح باسم المؤلف، ولا يذكر اسم الكتاب. وإما أن يذكر اسم الكتاب، ولا يصرِّح باسم المؤلف. وإما أن يصرح باسم المؤلف والكتاب معا. وسوف أستعرض مصادر الخضر حسين من خلال ثلاثة أوجه رئيسية:
أولاً: مصادره في التفسير وعلوم القرآن.
ثانياً: مصادره في الحديث وعلومه.
ثالثأ: مصادره في اللغة والنحو والأداب.
أولاً - مصادره في التفسير وعلوم القرآن:
التفسير: إن المتأمل في تفسير الخضر حسين يقف على مصادر متنوعة في العلوم الإسلامية الأساسية، وخاصة التفسير، وكان اعتماده الأكثرُ في هذا العلم على تفسير الزمخشري (ت ٥٣٨ هـ)"الكشاف"، وابن العربي