توفي الوالد الشيخ محمد بن عمر بن سليم ضحوة السبت من شهر جماد أول ١٣٠٨ هـ.
قالوا: وبعد وفاته كانت والدته تسأل عنه: مرددة وقد خرفت: وين محمد؟ فيقولون لها: إنه مات فتقول: إيه الله يرحمه، ثم تعود للسؤال عنه ثم ماتت بعد موته بشهور.
طلبه العلم:
والده عمر بن عبد العزيز بن سليم الثري الذي سبق ذكره هو طالب علم وإمام مسجد ظل يؤم في المسجد الذي صار يعرف الآن بمسجد ربيشه لعشرات من السنين.
فنشأ الشيخ محمد بن عمر في حجره، ووجهه لطلب العلم فقرأ علي علماء بلده بريدة وأشهرهم الشيخ القاضي المسَدَّد في أقضيته سليمان بن علي المقبل، ثم انتقل إلى الرياض تبقي فيها سنوات يطلب العلم على المشايخ من آل الشيخ ومن أشهر مشايخه وأكثرهم التصاقًا به الشيخ عبد الرحمن بن حسن بن الإمام المجدد الشيخ محمد بن عبد الوهاب.
ثم ذهب من الرياض مع ابن عمه الشيخ القاضي محمد بن عبد الله بن سليم إلى شقراء فلازما الشيخ العلامة عبد الله بن عبد الرحمن أبابطين، يقال: إنهما بقيا عنده في شقراء سنتين.
ثم عندما عاد إلى بلدة بريدة وقد صار شيخًا أقبل الطلبة من أنحاء القصيم ومن خارجه عليه، وعلى الشيخ محمد بن عبد الله بن سليم يتلقون العلم عنهما، حتى غدت بريدة مقصدًا لطلاب العلم من بلاد قريبة وبعيدة بسببهما.
وكان الشيخ محمد بن عمر كثير الكتابة، سريع الإفادة للطلاب لم يشغله عن ذلك قضاء ولا غيره، لأنه اعتذر عن تقلد القضاء عندما عرض عليه عدة مرات.