تقلد الشيخ محمد الخضر حسين منصب شيخ الأزهر الشريف في ظروف سياسية واجتماعية معينة، جعلت بقاءه في هذا المنصب العلمي الهام لا يطول كثيراً، برغم ما للرجل من قيمة علمية وأخلاقية ودينية.
في يوم الأربعاء (٢٧ من ذي الحجة ١٣٧١ هـ - ١٧ ديسمبر ١٩٥٢ م) زار ثلاثة من الوزراء على رأسهم الشيخ أحمد حسن الباقوري صديقُ الشيخ، ووزير الأوقاف المصرية منزلَ الشيخ محمد الخضر حسين، وبعد الترحيب بهم، بادره الشيخ صديقُه الباقوري بالقول: لقد وقع الاختيار عليك لتكون شيخاً للأزهر، فأبدى الرجل امتناعاً؛ نظراً لخطورة المهمة، وكبرها، ولعجزه البدني، وشيخوخته، وقد أشرف سنّه على الثمانين، فرفض الوزير الاعتذار قائلاً: هذا أمر تجنيد، وفي هذا العهد المبارك تُجند الكفاءات النزيهة لخدمة مصر. وعند ذلك قَبِل المسؤولية الجديدة، وأجاب: وأنا لا أهرب من الجندية، وليوفقنا الله.
ولم يكن الشيخ الخضر ينتظر بلوغه هذا المنصب لأسباب عديدة، لذلك أجاب عن سؤال يتعلق ببرنامجه الإصلاحي في الأزهر بقوله -عندما سأله المحرر بمجلة "المصور" المصرية بذلك الوقت-، قال: ليس لدي برنامج مدروس؛ إذ كنت لا أتوقع أن أكون شيخأ للأزهر، بعد أن قضيت عمراً طويلاً أدرّس السياسة الشرعية في كليتي الشريعة وأصول الدين، ثم أُحلت على المعاش بعد عشرين سنة في هذا العمل، ولزمت بيتي.
وتجدر الملاحظة: أن قلة المصادر المتعلقة بهذه الفترة الهامة من حياة