وقبل وفاته بثمان سنين طلب الإحالة للتقاعد فهناك تفرغ للكتابة وإتمام ما ابتدأ فيه من المؤلفات وأصيب بألم في الرأس بسبب حادث سيارة لازمه عدة سنوات حتى وافاه الأجل المحتوم وذلك لثمان خلت من شعبان عام ١٣٩٢ هـ فوقع بالمسلمين الخطب الجسيم والكارثة العظمى حيث فقدوا الرجل الفذ العامل المخلص الناصح للأمة فرحمه الله وأكرم مثواه.
ولم ينقطع عمله والحمد لله حيث خلف علماً جماً ينتفع به من بعده كما خلف ذرية صالحين إن شاء الله يخلفونه بخير ويزودونه بالدعوات والصدقات، وقد رثاه كثير من العلماء وأظهروا الحزن والأسى على فقده فمن ذلك مرثية للشيخ محمد بن عبد العزيز بن هليل جزاه الله خيراً مطلعها:
مصاب على الإسلام بين العوالم ... على العلم والدين القوي الدعائم
رحيل رجال العلم والمجد والتقى ... أولي الصدق والإخلاص من كل عالم
نجوم الهدى والرشد والحق والعلى ... رجوم العدا من كل غاو وآثم
فكم فاضل حبر جليل مهذب ... حكيم حليم ثابت الجأش حازم
تصرمت الأيام أيام عمره ... وبات بأطباق الثرى المترادم
وفي اليوم ذا تجري الدموع غزيرة ... كهتان وبل من خلال السواجم
وتتقد الأحشاء حزنا ولوعة ... تجيش بها الأشجان مثل الضرائم
لفد التقي الألمعي أخي الوفا ... أخي السبق في شأو العلى والمكارم
هو العابد الرحمن نجل محمد ... أكيد الإخا الشيخ الأديب ابن قاسم
هو الصالح المحبوب والناصح الذي ... يسير على النهج المنير المعالم
على الأصل والتقوى وحسن عقيدة ... وصحة إيمان ورشد القوادم
عفاف وزهد صادق وتورع ... وحسن اعتناء في الأدا والتفاهم
ونصح وإرشاد وحزم وغيره ... بحكمة داع مشفق غير ناقم
وحرب على الإلحاد والغي والردى ... وكل انحراف زائغ أو جرائم
سخاء ونبل فائق وسماحة ... وعون مع الإخوان أوفى مساهم