بالنخاسة ولا يعبأ أهلها بالإسلام، بل كانوا على استعداد لقبول الإرساليات التبشيرية التي كان لها أكبر الأثر في تكييف مستقبل هذه المملكة. وقد وصل فريق من المبعوثين البروتستانت إلى أوغندة عام ١٨٧٧ م متبعين الطريق الذي اتبعه العرب من زنجبار (بر الزنج)، وجاء بعدهم عدد من قساوسة الفرنسيين عام ١٨٧٩ م. وفي الوقت نفسه عَيَّن خديو مصر السير صمويل بيكر الذي كان قد اكتشف بحيرة ألبرت عام ١٨٦٤ م، حاكما عاما للسودان وزوده بالتعليمات اللازمة للقضاء على النخاسة التي كان يشتغل بها الترك والعرب، وكان مركزهم غندكرو، وأبعد محلاتهم على مسيرة خمسة عشر يوما ناحية الجنوب، فوصل صمويل بيكر إلى بنيورو عام ١٨٧٢ م، وضمها إلى السودان. وخلفه على حكم السودان غردون، فأرسل المبعوثين إلى مملكة بوغندة، ولقى ستانلى أحدهم في بلاط متيسه ملك بوغندة، وأخذ منه رسائله المشهورة وحملها معه إلى إنكلترة وكان أمين باشا حاكما على الأقاليم الاستوائية من السودان المصري بما فيها القسم الشمالي من أوغندة عند قيام ثورة المهدي، فقطع كل اتصال بينه وبين الخرطوم، وأنقذه ستانلى. وثار فريق من جنود أمين باشا بقيادة ضابط مصرى يدعى سليم بك، وظلوا في "تورو" التي دخلت فيما بعد في نطاق ما عرف من بعد اليوم بالكنغو البلجيكية.
وكان الطريق الذي يصل ممباسا بالداخل- مارًا بما عرف بعد بمستعمرة كينيا قد فتحه العرب. وفي عام ١٨٨٩ أرسلت الشركة الإنكليزية الامبراطورية الإفريقية الشرقية حملة إلى أوغندة لضمها إليها، وانتهت المفاوضات التي قامت بين إنكلترة وألمانيا، والتي كان الغرض منها تقسيم الساحل الشرقي والبلاد الداخلية، بضم أوغندة إلى بريطانيا.
وفي عام ١٨٩٠ أمر الكابتن لوكارد Lugard وهو اللورد لو كارد فيما بعد، وكان مشتغلًا ببناء عدد من الحصون على الساحل - أن يتوجه إلى أوغندة لتثبيت مركز الشركة هناك وخلع النصارى والمسلمون "موانجه"، خليفة