المريدين حسد المرابطين من أهل بلده، ولذلك هاجر الى الحامة بالقرب من الجزائر. وقد أثار نشاطه فيها أيضا معارضة رجال الدين، فاستدعوه لمحاكمته أمام مجلس برياسة على بن أمين مفتى المالكية. وقد برئ من تهمة الزندقة بفضل نفوذ السلطات التركية التى تأثرت بكثرة المريدين من أتباعه، ولكنه رأى أن الحكمة تقتضيه أن يعود أدراجه إلى قريته حيث توفى فيها بعد
قليل تاركا على بن عيسى المغربى خليفة له.
ويقال إن الترك سرقوا جثته ودفنوها باحتفال مهيب فى الحامة، وابتنوا فوقها قبة ومسجداً. على أن آل إسماعيل (أيت إسماعيل) يرون أن الجثة لم تفارق قبرها الأصلى، ومن ثم فقد ذهبوا إلى أنها ازدوجت بفضل كرامة من كراماته ولذلك لقب بـ "أبو قبرين".
[تاريخ الطريقة وانتشارها]
كان على بن عيسى المغربى شيخ الطريقة دون منازع من عام ١٢٠٨ هـ (١٧٩٣ - ١٧٩٤) إلى عام ١٢٥١ هـ (١٧٣٦ - ١٨٣٧ م). ومات خلفه من بعده بوقت قصير، وانقسمت الطريقة منذ العام التالي إلى فرعين مستقلين وإن ظلت تستهوى كثيراً من المريدين.
ويعزى ذلك إلى معارضة أيت إسماعيل فى خلافة الحاج بشير، وهو مغربى آخر. وقد اضطر بشير هذا إلى التخلى عن مشيخة الطريقة على الرغم من معاونة عبد القادر له (عدو الفرنسيين المشهور) فتولتها فترة من الزمن أرملة على بن عيسى، على أنها لم تجد آخر الأمر بداً من استدعاء بشير لضآلة دخل الزاوية. وفى خلال ذلك كان مؤسسو الزوايا الأخرى قد أخذوا يستقلون بأنفسهم. فلما توفى بشير عام ١٢٥٩ هـ (١٧٤٣ - ١٨٤٤ م) أفلح زوج ابنتها الحاج عمّار فى ولاية هذه الطريقة. وأحس الحاج عمّار بأن نفوذه آخذ فى الاضمحلال لعجزه عن الاشتراك فى الهجوم على الفرنسيين الذى نظمه بوبغله فطلب من أتباعه فى شهر أغسطس عام ١٩٥٦ حمل السلاح