لم يؤد الغزو العثمانى لمصر إلى إستئصال شأفة المماليك وترجع إحدى وجهات النظر ذلك إلى معاونة بعض المماليك له فى تسهيل بمهمته بفتح مصر، وكان هؤلاء المماليك من المعادين للغورى وطومان باى. ولقد كان قائدا هذه الزمرة هما حاكما حلب ودمشق، خايربك وجانبردى الغزالى، اللذين كوفئا من الفاتح العثمانى فصار خايربك نائبا للفاتح العثمانى فى القاهرة، وجانبردى نائبا له فى دمشق على أن هذه الترتيبات كانت يتميز هذه المرحلة الإنتقالية. وعندما توفى السلطان سليم الأول فى سنة ٩٢٦ هـ/ ١٥٢٠ م، حاول جانبردى الإستقلال، لكن محاولته قُمعت، وقتل هو نفسه (٩٢٧ هـ/ ١٥٢١ م). وتُوفى خايربك سنة ٩٢٨/ ١٥٢٢ م، وبعدهما أختير عثمانيون لحكم دمشق والقاهرة.
ولقد قُضى بعد ذلك بقليل على آخر تمرد مملوكى قام بها جانم وإينال الكشافان ومع ذلك فقد استمر تجنيد البيوتات المملوكية وتكوينها عسكريًا وأستمر تزويد القوات المصرية بجزء منها. لكن من الواضح أنه من بين الفيالق السبع لقوات الحامية العثمانية كانت هنالك فرق الأنكشارية، وهى فرق مملوكية. كذلك فقد حمل قادة المنشأة العسكرية المملوكية وعددهم ٢٤ قائدًا لقب (سنجق بك)، ولكنهم إختلفوا فى وظائفهم عن بقية السناجق فى أى مكان آخر داخل الأمبراطورية العثمانية. وبعد استمرار خمول هذه البيوتات العسكرية المملوكية خلال ما تبقى من القرن العاشر الهجرى/ السادس عشر الميلادى. ظهر البكوات المماليك للعيان بعد ذلك كعامل هام فى السياسة فى منتصف عقود القرن الحادى عشر/ السابع عشر الميلادى (فترة ضعف العثمانيين)، وعاود الشقاق الحربى المملوكى القديم ظهوره بعداواته المتأصلة بين جماعتى الفقارية والقاسمية. ولقد بلغت الأولى ذروتها على يد رضوان بك، الذى كان أميرًا للحج لأكثر من عشرين سنة حتى