وفتح المسلمون آخر الأمر حوران، في رجب سنة ١٣ هـ (سبتمبر سنة ٦٣٤ م) بعد وقعة اليرموك، التي أوقفت الهجوم المضاد للروم (البوزنطيين) ويبدو أن سكانها قد أيدوا الأمويين، وبعد سقوطهم في أيديهم قاموا، بزعامة من يدعى حبيب بن موسى، بفتنة قمعها عبد الله بن على عم الخليفة العباسى.
وخلال العصر العباسى، عانت حوران، بصفة خاصة، من غارات عصابات القرامطة ثم كانت حوران، في عصر الحروب الصليبية، مسرحًا لمعارك وغارات عديدة قام بها الصليبيون الذين كانوا يجيئون من آن لآخر لنهب المنطقة، محاولين الاستيلاء على حصونها الرئيسية، أو كانوا يعبرون بها في طريقهم لمهاجمة دمشق. على أن حوران عانت أيضًا من فعال زنكى، عندما كان يحاول الاستيلاء على دمشق. وفي عام ٦١٤ هـ (١٢١٧ م) ظهر الصليبيون آخر مرة في حوران. وبعد ذلك بقليل، أي في عام ٦٤٢ هـ (١٢٤٤ م) نهب الخوارزميون الذين كان الحكام الأيوبيون قد استدعوهم، شمال حوران، ثم ظهر المغول هناك عام ٦٥٨ هـ (١٢٦٠ م) قبل هزيمتهم على يد المماليك في عين جالوت.
وفي القرن السادس -السابع الهجري (القرن الثاني عشر- الثالث عشر الميلادى) قسمت حوران مقاطعتين، هما حوران بعينها، التي تناظر أورانيتيس في الأزمنة القديمة، والبثنية، التي تناظر بتانيا، وكلاهما يتبعان ولاية دمشق. وكانت وقتذاك إقليما ينعم بالرخاء، فيه قرى عديدة، وله إنتاج كبير من الحبوب، وفريق من سكانه نصارى.
وكان الإقليم في عصر المماليك، يتكون من ولايتين هما حوران وعاصمتها بصرى، والبثنية، وعاصمتها أذرعة، هما ونيابة صلخد، التي كان الآمر في حصنها المنيع أمير رتبته رفيعة وضم إليها، على الأرجح، منطقة تناظر اللجاء، بعاصمتها في زرع. وفي هذا الوقت كان