بابر في نهاية عام ١٥٣٠ فالتحق خواندمير بخدمة ولده همايون وقال فيه مديحا نقش على منشآت همايون وعمائره واسماه "قانون همايونى" أو همايوننامه (وتوجد نسخة خطية منه في المتحف البريطاني) وذكر إليوت Elliot في كتابه تاريخ الهند History of India (جـ ٥، ص ١١٦) شيئا عن هذا القانون وأورد فقرات منه. والشائع أن خواندمير توفي عام ٩٤١ هـ (١٥٣٤ - ١٥٣٥ م) أثناء حملة همايون على كجرات، ولكنا نستدل من رواية فرشته على أن خواندمير توفي بداء الزحار (الدوسنطاريا) في عودته من كجرات. وعادت الحملة في عام ٩٤٢, وكان خواندمير على قيد الحياة في هذا العام. وقد كتب عبارة تضمنت تاريخ وفاة صديقه وزميله في الترحال شهاب الدين صانع الغرابيل (انظر البداؤونى، ترجمة Ranking جـ ١، ص ٤٥٠). والراجح أن خواندمير توفي عام ٩٤٢ أو ٩٤٣ هـ (١٥٣٥ - ١٥٣٧ م). وقد دفن في دهلي تلبية لرغبته بالقرب من مقبرتى نظام الدين أوليا وأمير خسرو، ولعله كان قد بلغ آنئذ حوالي الستين عاما.
وكان خواندمير كاتبا مكثرا، وأول تواليفه هو كتاب خلاصة الأخبار، كتبه عام ٩٠٥ هـ (١٤٩٩ - ١٥٠٠ م) وأهداه إلى على شير، وكان قد استعان بمكتبته في جمع المادة اللازمة لهذا الكتاب. وخلاصة الأخبار أثر من آثار شباب هذا الكاتب، ومن ثم لم يرد فيه من معارف المؤلف الشخصية إلا القليل. فهو في الواقع مجمل وتمهيد لكتابه حبيب السير، ولكنه أكثر استيفاء في بعض المواضع من كتاب حبيب السير، مثال ذلك أن ما جاء فيه من أخبار عن سقوط يادكار محمَّد ووفاته، أوفى مما جاء في كتاب حبيب السير. وأثمن كتب خواندمير هو كتابه "حبيب السير" وهو الكتاب الوحيد المطبوع من بين مؤلفاته، وقد بدأ فيه عام ١٥٢١ وانتهى منه. عام ١٥٢٣ - ١٥٢٤ وإن كان قد أضاف إليه بعض الإضافات بعد زيارته للهند. وكتاب حبيب السير، الذي أطلق عليه المؤلف هذا العنوان تيمنا باسم مولاه الثاني حبيب الله، تاريخ عام من أقدم الأزمنة إلى ما يقرب من نهاية حياة إسماعيل الصفوى الأول. ومن الطبيعى أن يكون هذا الكتاب عظيم النفع بصفة