وايزيدورس الملطى؛ واذ أمر الامبراطور بأن البناء الجديد يجب أن يكون آمنا من الحريق والزلازل، فقد استقر رأيهما على أن تكون خطة البناء قائمة على القباب والأقبية الصغيرة. وافتتح هذا البناء الباذخ فى السابع والعشرين من ديسمبر سنة ٥٣٧ فى حفل بالغ الفخامة حتى أن يوستنيانوس الفخور قد صاح قائلا:"يا سليمان، لقد تفوقت عليك! ". على أنه حدث فى عهد هذا الإمبراطور نفسه أن انهار الجزء الشرقى من القبة بفعل زلزال (فى السابع من مايو سنة ٥٥٨)، ودمرت
مقرأة الكنيسة والهيكل والمذبح. لقد كانت القبة قد خططت بحيث تكون شديدة التفلطح، أما بعدُ فقد رفعت أكثر من عشرين قدما على حين قويت دعائم العمد الكبيرة حتى أصبحت الكنيسة مهياة لافتتاحها من جديد فى الرابع والعشرين من ديسمبر سنة ٥٦٢. وموقع الكنيسة مما تحسد عليه، ففى جنوبها يقوم الأغسطيوم المشيد للاحتفالات القومية، وبه تمثال ليوستنيانوس على هيئة فارس؛ والى الشمال (فى الصميم من رحاب أسوار السراى اليوم) بيع البلاط، وأديرة جليلة وقصور رجال البلاط؛ وإلى الشرق، أى تجاه البحر، يقوم القصر الإمبراطورى.
ويتمثل غربها للزائر فى فناء رئيسى تكتنفه دهاليز مكشوفة. ومن هنا تؤدى عدة أبواب (ربما أربعة أبواب أو خمسة) الى بهو خارجى مقفل لا يزال يتبع الفناء، ومنه تؤدى خمسة أبواب إلى بهو داخلى، ثم بابان فى كل من الطرفين الشمالى والجنوبى، وتتشعب ممرات أخرى وتؤدى تسع فتحات مستطيلة من المداخل الى قلب الكنيسة، والفتحة الوسطى منها قد زخرفت فى تأنق وإبداع وجرى استخدامها بابًا للملك.
والأرض التى تشغلها الكنيسة مربعة الشكل تقريبا يبلغ طولها من الداخل حوالى ٧٥ مترا مع استثناء المحراب الأكبر فى الجناح الشرقى، . وعرضها حوالى ٧٠ مترا. وقد صورت أرضية الكنيسة على هيئة الصليب تعلوها قبة معلقة نصف كرية تقريبًا ترتفع ٥٦ مترًا. ولما كانت الجدران