من بخارى التى دمرها تدميرًا تامًا. ومن حسن حظ هذه المدينة أنها سلمت فى ربيع الأول عام ٦١٧ هـ (مايو ١٢٢٠). وسمح لعدد من أهلها بالبقاء فيها تحت حكم وال مغولى وإن كانت قد نهبت وطرد الكثير من سكانها.
وكانت سمرقند فى المائة والخمسين سنة التالية صورة باهتة لما كانت عليه من عز ومكانة. وقد وجد بها ابن بطوطة (جـ ٣، ص ٥٢ وما بعدها) حوالى عام ١٣٥٠ م قليلًا من البيوت المسكونة بين الأطلال. وبدأت المدينة تنتعش عندما أصبح تيمور حوالى عام ٧٧١ هـ (١٣٦٩ م) صاحب الكلمة العليا فيما وراء النهر. واختار سمرقند قصبة لدولته الآخذة فى النمو باستمرار، وراح يزينها بكل آيات الروعة والفخامة. وفى سنة ٨٠٨ هـ (١٤٠٥ م) زار المبعوث الأسبانى روى جنز الزده كلافيجو Ruy Gonzzalez de Clavijo هذه المدينة وهى ترفل فى ثوبها المجيد الجديد (انظر الطبعة الأسبانية - الروسية من الرحلة التى أخرجها Sreznevskiy فى shornik. otd. Russk. Jaz سنة ١٨٨١، جـ ٢٨، ص ٣٢٥ وما بعدها، مع فهرس فرنسى قيم)، وذكر أن اسمها المحلى هو Gimerquiente, وهو يقول إن معناه Aldea gruesa أى القرية الكبيرة (الكثيفة). وهذه التّسمية صدى للتحريف التركى للاسم، أساسه اشتقاق شائع يربط بين هذه الكلمة وكلمة سامز Samiz أى كثيف. وقد جمل ألغ بك حفيد تيمور (توفى عام ٨٥٣ هـ = ١٤٤٩ م) هذه المدينة بقصره المسمى "جهل ستون" كما شيد بها
مرصده المشهور (انظر عنه W.Barthold: Ulugbek i ego vremya, Ross.Akad Nauk, ١٩١٨) ونجد وصفًا مستفيضًا لهذه المدينة أيام تيمور فى مذكرات بابر (بابر نامه، طبعة Ilminski، ص ٥٥ وما بعدها؛ طبعة Beveridge؛ ص ٥٤ وما بعدها؛ ترجمة Pavet de Courteills جـ ١، ص ٩٦ وما بعدها ترجمة Baveridge ص ٧٤ - ٨٦) الذى استولى على سمرقند لأول مرة عام ٩٠٦ هـ (١٤٩٧ م) واحتفظ بها بضعة أشهر، ويمكن أن نعد هذا الوصف آية من الآيات. وفى عام ٩٠٦ هـ (١٥٠٠ م) استولى عليها منافسه تيمور أوزبك