وكان للسنوسى ولدان: سيدى محمد المهدى (المولود عام ١٧٤٤ والمتوفى ١٩٠١ بكورو)، وهو خليفته، وسيدى محمد الشريف (المولود عام ١٨٤٦ والمتوفى عام ١٨٩٦)؛ وخلف الولد الأكبر ابنين هما: سيدى إدريس (ولد عام ١٨٨٣ ومنح أرضًا فى الغرب عام ١٩٠٩. ونصب أميرًا تحت الحماية الإيطالية من سنة ١٩١٦ إلى سنة ١٩٢٣)، وسيدى الرضا؛ وأعقب الولد الأصغر ستة أبناء هم: سيدى أحمد شريف (ولد ١٨٨٠؛ وهو شيخ الطريقة السنوسية من سنة ١٩٠١ إلى سنة ١٩٢٥, وقد انضم إلى ألمانيا وشخص إلى تركية، وأخذ منذ سنة ١٩٢١ يوجه حملة إسلامية جامعة من أنقرة)، وسيدى محمد العابد (وقد منح أرضًا فى الجنوب، فى فزان منذ سنة ١٩٠٩، ومن ثمّ دبر فتنة الصحراء فى وجه فرنسا فى السنوات من ١٩١٦ - ١٩١٨ م)، وسيدى على الخطابى، وسيدى صفى الدين (رئيس البرلمان الإيطالى فى برقة عام ١٩٢١) وسيدى الحلّال، وسيدى الرضا.
وكان مقر الطريقة فى جغبوب (١٨٥٥ - ١٨٩٥) ثم نقل إلى الكفرة (١٨٩٥) ثم إلى كورو (١٨٩٩) ثم عاد إلى الكفرة (١٩٠٢)، فى حين ارتفع عدد الزوايا من ٢٢ زاوية سنة ١٨٥٩ إلى ١٠٠ زاوية سنة ١٨٨٤.
وقد ترك سيدى محمد بن على السنوسى أربعة مصنفات علاوة على وصاياه الخاصة بالدخول فى طريقته (أنواع الورد؛ والسّر "يالطيف" مرددة ألف مرةَ)؛ وهذه المصنفات الأربعة هى: مصنف فى الأصول، وآخر فى التوافق بين القرآن الكريم والحديث (المقرر دون اعتبار لتقليد أى مذهب من المذاهب الأربعة؛ وينادى المؤلف بالاجتهاد بالرغم من أنه قيل أنه مالكى) ومصنفان فى التصوف: "الفهرسة"، ويعدد فيه أسناده (الشرعيين وعددهم ١٥٠ منهم ٦٤ من المتصوفة) الذين يثبتون صحة طريقته، و"سلسبيل معين فى الطرائق الأربعين"، ويشتمل على صيغ الذكر فى الأربعين طريقة السابقة التى جاءت طريقته خلاصة لها جميعا، وهذا المصنف هو أغرب مصنفاته كلها، فبينما هو يسوق الروايات التى اشتمل عليها مصنفه بما يفهم منه أنه تلقاها شفاها، إذا به يعترف بأنه نقلها عن الرسالة لحسنُ عجيمى (١١١٣ هـ = ١٧٠٢ م)،