وكان يدرس بالجامع الأزهر إلى جانب المذهب الفاطمى، العلوم النقلية والعقلية، وقد جرت العادة على تدريس العلوم النقلية، التى عبر عنها ابن خلدون بأنها مختصة بالملة الإسلامية وأهلها؛ وتشمل علم التفسير، وعلم القراءات، وعلم الحديث، والفقه، وعلم الكلام، والنحو واللغة. وكانت هذه العلوم تدرس فى الصباح. أما العلوم الأخرى فكانت تدرس بعد العصر، فيذكر القلقشندى أن الفقهاء فى الجامع الأزهر كانوا يتحلقون فيه يوم الجمعة بعد الصلاة، إلى أن تصلى صلاة العصر.
ومن أشهر العلماء الذين درسوا بالأزهر ابن زولاق؛ وهو الحسن بن إبراهيم المتوفى فى سنة ٣٨٧ هـ. وقد ذاعت شهرته لسعة اطلاعه فى التاريخ. وكان صديقا للمعز وابنه العزيز؛ لذلك وقع عليه الاختيار ليقوم بالتدريس فى الجامع الأزهر. ومن تصانيفه: كتاب "فضائل مصر"؛ وكتاب "قضاة مصر"، الذى جعله مؤلفه ذيلاً لكتاب القضاة لأبي عمر الكندي؛ وكتاب سيرة محمد ابن طغج الأخشيد المسماة "العيون الدعج"، التى نقلها ابن سعيد فى كتابه "المغرب فى حلى المغرب".
ومن الكتاب والمؤرخين، الذين كانت لهم صلات علمية بالجامع الأزهر، الأمير المختار عز الملك محمد بن عبد الله المسبحى، المتوفى سنة ٤٢٠ هـ؛ وهو مصرى المولد والنشأة؛ وكان من أقطاب مصر فى العلم والسياسة والإدارة؛ وأخذ بقسط وافر من العلوم السائدة فى مصر؛ وشغف بتدوين التاريخ ودراسة الأدب؛ وبلغ عدد مصنفاته ثلاثين، منها: كتابه "التاريخ الكبير" المسمى "تاريخ مصر".
ومنهم أيضًا أبو عبد الله القضاعى، الذى ولد بمصر فى أواخر القرن الرابع الهجرى، وتوفى بها فى سنة ٤٥٤ هـ. وقد ألف عدة كتب فى الفقه والتاريخ, نخص بالذكر منها كتاب:"مناقب الإمام الشافعى واخباره", وكتاباً فى خطط مصر، سماه "المختار، فى ذكر الخطط والآثار"، يتضمن تاريخ مصر