وجعله ينصر المغول على الخلافة، وتمكن بشفاعته من أن يعامل الشيعة بشئ من الرحمة فى أتون الدمار الذى أنزله المغول بالبلاد الإسلامية وأن تبقى مزاراتهم المقدسة فى جنوبى أرض الجزيرة بمنجاة من الهلاك. ومن تواليفه (٥٦ عنوان كتاب ذكرها بروكلمان فى كتابه تاريخ الأدب العربى، جـ ١، ص ٥٠٨ وما بعدها؛ وانظر أيضا Nallino فى Oriente Moderno، جـ ٨، ص ٤٣ وما بعدها) رسالتان فى العقائد يقدرهما إخوانه فى الدين حق قدرهما ولهما شروح كثيرة، وهما:"تجريد العقائد"(طهران، طبعة غير مؤرخة) و"قواعد العقائد"(طهران ١٣٠٥ هـ وعليها شرح تلميذه ابن المطهر). وقد شرحت نظرية الأثنى عشرية فى الإمامة شرحًا محكمًا واضحًا كذلك بكتابه "الفصول" فى الغيبيات الذى ألفه بالفارسية (انظر النسخة العربية وعليها تعليقات، مخطوطة ببرلين، رقم ١٧٧٠، الأوراق ١٣٨ ب وما بعدها). أما أقوال الطوسى فى المنطق والفلسفة فقد تفرقت فى كتاباته العقائدية التى تعد مقدمة تقليدية لكلامه عن العقائد التى استقيت فى جوهرها من روايات الشيعة، وهى تنتمى إلى مدرسة ابن سينا، فقد كتب شرحا للإشارات" والتنبيهات لابن سينا اسمة (حل مشكلات الإشارات)، (لكهنو سنة ١٢٩٣ هـ)، وفيه يرد على نقد فخر الدين الرازى لابن سينا، كما كتب أيضا فى الرد على كتاب الرازى "محصل أفكار المتقدمين والمتأخرين" الشرح النقدى: "تلخيص محصل. . . " (فى ذيل كتاب المحصل، القاهرة سنة ١٣٢٣ هـ). وكذلك ظل الطوسى شيعيًا عميق الإيمان بمذهب الشيعة فى كتابه فى التصوف: "أوصاف الأشراف" (طهران سنة ١٣٢٠ هـ) الذى كتبه بالفارسية، كما أن صوفيته وتوقيره للحلاج يميزانه عن معظم إخوانه فى الدين. وقد كتب الطوسى فى الفقه عن أحكام الوراثة؛ وبقى من كتبه فى العلوم الخفية: "كتاب الرمل" (ميونخ، مخطوطة عربية، رقم ٨٨٠). وأهدى الطوسى إلى مولاه وهو بعد فى سرتخت كتابا فى الأدب عنوانه: "أخلاق ناصرى" وما زال هذا الكتاب