١٨٣٠ م مأساة أثرت فى حياته وطبعه وسلوكه واتجاهاته كل التأثير ألا وهى مقتل أخيه أسعد (١٧٩٨ - ١٨٣٠) لتحوله إلى البروتستنتية مما حمل البطرك المارونى يوسف حبيش (المتوفى عام ١٨٤٥) على أن يسجنه ويعذبه حتى مات تحت التعذيب (انظر فى ذلك خبريات أسعد الشدياق عند بطرس البستانى) ويمكن أن نؤرخ تحول فارس إلى البروتستنتية فى نهاية ١٨٢٥ وإن كان دى طرازى فى كتابه الصحافة وكذلك ب. مسعد فى كتابه "فارس الشدياق" يزعمان أنه اعتنق هذا المذهب فى مالطة أى فيما بين ١٨٣٤ و ١٨٤٨ م ولكنه رأى مرفوض (انظر السياق ١/ ٧٧٣ - ٣٧٨) ونجد فى صفحة ١٣٠ - ١٣٣ ما يؤكد أنه اتصل بالبعثة الإنجيلية البروتستنتية قبل مغادرته لبنان إلى مصر التى ظل مقيما بها من ١٨٢٥ حتى ١٨٣٤ م وفيها كان أول زواج له من مارونية ولدت فى "الصولى" وأنجب منها ولديه "سليم"(١٨٢٦ - ١٩٠٦) و"فايز"(١٨٢٨ - ١٨٥٦ م). وتسنى له فى مصر أن يتصل بجماعة من كبار العلماء والأدباء مثل نصر اللَّه الطرابلسى (١٧٧٠ - ١٨٤٠ م) وشهاب الدين محمد بن إسماعيل المالكى (١٨٠٣ - ١٨٥٧ م) وقد أتاح له وجوده فى هذه البيئة الجو الملائم لدراسة العربية والمنطق واللاهوت وعلم الكلام، كما اختير محررا بصحيفة الحكومة الرسمية وهى الوقائع المصرية محل رفاعة الطهطاوى. ثم سأله رئيس الارسالية الإنجيلية البروتستنتية أن ينتقل إلى مالطة فانتقل إليها وأمضى فيها بضع سنوات (١٨٣٤ - ١٨٤٨) يعلم العربية وينسخ المصادر ويصحح المخطوطات. ولم يقطع هذه الحياة الجافة إلا مرتين فقط عاد فى أولاهما سرا إلى لبنان سنة ١٨٣٧ م وزار فى ثانيتهما انجلترا سنة ١٨٤٥ م، ثم دعى إلى لندن سنة ١٨٤٨ م ليساعد فى ترجمة الإنجيل وهنا طلق زوجته الأولى وتزوج إنجليزية وحصل على حق الحماية البريطانية ومات له حينئذ ثالث أولاده. ولما تمت ترجمة الإنجيل فى أقل من عشرين شهرا استقر فى باريس حيث نظم قصيدتين مدح فى واحدة منهما أحمد باشا باى تونس