قد تم الصلح بينها وبين أبى بكر فى فترة مرضها فقد طلب زيارتها لعيادتها فى مرضها فوافقت، ولكن معظم المصادر تؤكد أنها ظلت غاضبة منه حتى وافتها منيتها، وثمة رواية تتكرر كثيرا عن اللحظات الأخيرة فى حياتها مؤداها أنها استعدت للموت فغسلت نفسها وكفنت بدنها بعباءات خشنة، وطلبت من أسماء بنت عُميس أرملة جعفر بن أبى طالب التى ساعدتها فى الغسل وفى تكفين نفسها -إن صح التعبير- ألا يكشف أحد عن بدنها بعد موتها، ثم انطرحت فوق سرير نظيف فى وسط الغرفة وراحت تنتظر نهايتها، ولأن فاطمة كانت تشكو من عادة تغطية الموتى بطريقة تكشف عن أشكالهم، فقد جهزت لها أسماء بنت عميس نعشا (تابوتا) مصنوعا على نسق التوابيت الحبشية -من خشب وجريد نخل أخضر، فسعدت فاطمة بهذا التابوت، لكن هذه الصورة التى تظهر فاطمة سعيدة هادئة راضية وهى تستقبل الموت، تتناقض مع روايات أخرى، فوفقا لما ذكره اليعقوبى فإنها وبخت بعنف كل من عادها من زوجات الرسول ونساء قريش، وأوصت أسماء بنت عميس بمنع عائشة (رضى اللَّه عنها) من الدخول، ويقال إن عليا نفسه هو الذى غسلها بعد موتها، ويقال: إنها هى نفسها التى رجته قبل أن تموت أن يؤدى بنفسه هذه المهمة، ومن الصعب أن نتعرف على الصحيح من بين كل هذه الروايات.
ولاقت فاطمة ربها فى العام الحادى عشر للهجرة لكن شهر وفاتها غير متفق عليه وإن كان القول الشائع أنها ماتت بعد الرسول بستة أشهر، وكتم خبر موتها وجرى دفنها ليلا، ووفقا لمعظم الروايات فإن أبا بكر وعمر لم يحاطا علما بخبر موتها لكن هناك بعض الروايات تذهب إلى أن أبا بكر صلى صلاة الجنازة عند قبرها، وتجمع معظم المصادر على أنها دفنت فى البقيع، لكن بعض المصادر تذكر أنها دفنت بالقرب من مسجد يقال له مسجد رقية فى زاوية دار عقيل (أخى على)، وذكرت مصادر أخرى أن موضع دفنها غير معروف، وأكد المسعودى فى مروج الذهب أنه كان هناك قبر يحمل كتابة