تنازع الأخرى فرغانة نزاعا استمر حتى زمن تيمور الذى ظلت فرغانة طول عهده ومعظم زمن خلفائه تابعة لخراسان ولشاه رخ وولده "الغ بك"، ثم صار لها حاكمها الخاص بها ممثلا فى "عمر شيخ"(وهو من أولاد حفدة تيمور لنك). وقد خلفه ولده "بابر" الذى اتخذ فرغانة مقاما له للهجوم على الشيبانيين وظل يتقدم حتى بلغ سمرقند لكنه وجد نفسه أخيرا عام ٩٠٩ هـ (= ١٥٠٤) مضطرًا عن للتنازل فرغانة والفرار إلى الهند.
ولقد أحدث سقوط التيموريين وقيام الصفويين الشيعة فى فارس تغييرا جذريا فى علاقات القوى السياسية الموجودة فى آسيا الصغرى، وكان فى فرغانة فى هذه الآونة تسع مدن كبرى أضاف اليها بابر مدينة خجند وخقند التى لم تكن تزيد عن قرية صغيرة حينذاك، وكانت العاصمة "انديجان" التى كان قد تم صبغها بالصبغة التركية تماما على حين كانت "مرغنان" لا تزال ايرانية، وكان بفرغانة زمن بابر كثير من الحقول والبساتين وأنواع شتى من الأخشاب تستعمل فى صناعة السهام وأقفاص الطيور وما شابه ذلك، وكان يوجد بها نوع من الأحجار يستعمل فى صناعة مقابض السكاكين. كما كان هناك الحديد والفيروزج يستخرجان من باطن الأرض. وبعد طرد التيموريين نهائيا أصبحت فرغانة تابعة لدولة بنى شيبان الأزبكية وصارت "انديجان" عاصمة أسرة محلية وخلعت اسمها على كل منطقة الوادى. وبعد سقوط الشيبانيين ١٥٩٨ م تقاسمت البلاد عدة أسر كانت تتبع بخارى اسميا، ولكنهم كانوا يخضعون للقزخ والكرجيز الذين كانوا يغيرون بين آنة وأخرى على أودية الجبال المحيطة بفرغانة.
ولما كانت سنة ١١٢١ هـ (= ١٧٠٩ م) أصبح وادى فرغانة خانية ازيجية برياسة "شاه رخ بى" ثم تحولت منذ ذلك الوقت حتى ١٨٧٦ م فصارت مركز خانية خقند التى ضمها الروس إلى بلادهم وصارت مركز ولاية فرغانة