النزاع بين اليونان وتركيا -هما من أعضائه- خطرًا على سلامة الحلف، وقد مهد ذلك لاستقلال قبرص فى ١٦ أغسطس ١٩٦٠.
وقد قدر عدد السكان فى سنة ١٩٦٨ م بـ ٥٥٦٧١٥ نسمة منهم ٤٤٢٥٢١ من اليونانيين و ١٠٤٣٥٠ من الأتراك و ٣٦٢٨ من الأرمن و ٢٧٠٨ من المارونيين و ٢٣٥١ من البريطانيين و ٢٧٦٩ من اللاتين و ١٨٢٦١ من جنسيات أخرى، ووضع نظام معقد للإدارة يراعى التركيبة الطائفية، فكان رئيس الجمهورية يختار من اليونانيين وله نائب يختار من الأتراك، أما مجلس الوزراء فكان يضم سبعة من اليونانيين وثلاثة من الأتراك، وكانت قرارات المجلس تخضع لفيتو (حق النقض) من جانب رئيس الجمهورية/ أو نائبه، أى أنه كان بوسع أى منهما أن يلغى ما لا يروق له من قرارات.
وأدى هذا النظام للكثير من الصعوبات العملية عند تطبيقه، ولكن حكومة مكاريوس استطاعت الحفاظ على وحدة البلاد رغم الكثير من الصعاب الداخلية والخارجية حتى أطاح بها انقلاب عسكرى عام ١٩٧٤ م دبره بعض الضباط الموالين لحكومة اليونان الدكتاتورية العسكرية آنذاك بقيادة نيكوس سامبسون، وهو إرهابى من أعضاء منظمة يونيتا.
وانتهزت تركيا الفرصة، فتدخلت بقوتها العسكرية، وفرضت تقسيما فعليا للجزيرة بين الأتراك والقبارصة اليونانيين وتبع ذلك عمليات ترحيل ونزوح ضخمة بين السكان فى كلا القطاعين، وقد فشل الانقلاب وعاد الأسقف مكاريوس ليتولى رئاسة الجمهورية، ولكنه فشل فى إعادة توحيد الجزيرة، وقد رحل عن عالمنا بعد ذلك بثلاث سنوات، فى ٣ أغسطس ١٩٧٧ م، فخلفه كبريانو فى رئاسة الجزيرة واختير خرسوستوموس رئيسا لكنيسه قبرص الأرثوذوكسية، واستؤنفت المحادثات فى يناير ١٩٧٨ م تحت إشراف الأمين العام للأمم المتحدة بين كبريانو ودنكتاش دون نجاح، وما زالت الجزيرة مقسمة حتى الآن.