دمشق كان مكتوبا "وبالزُّبر وبالكتاب" بدلًا من "والزّبر والكتاب" فى الآية ١٨٤ من سورة آل عمران {فَإِنْ كَذَّبُوكَ فَقَدْ كُذِّبَ رُسُلٌ مِنْ قَبْلِكَ جَاءُوا بِالْبَيِّنَاتِ وَالزُّبُرِ وَالْكِتَابِ الْمُنِيرِ} ويقال أيضا إنه ورد فى مصحف عثمان بدمشق (مِنْكُم) بدلا من (مِنْهم) فى الآية ٢١، من سورة غافر {أَوَلَمْ يَسِيرُوا فِي الْأَرْضِ فَيَنْظُرُوا كَيْفَ كَانَ عَاقِبَةُ الَّذِينَ كَانُوا مِنْ قَبْلِهِمْ كَانُوا هُمْ أَشَدَّ مِنْهُمْ قُوَّةً وَآثَارًا فِي الْأَرْضِ فَأَخَذَهُمُ اللَّهُ بِذُنُوبِهِمْ وَمَا كَانَ لَهُمْ مِنَ اللَّهِ مِنْ وَاقٍ} ويقال إن نسخة الكوفة من مصحف عثمان كان بها (عَمِلَتْ) بدلا من (عَملَتْهُ) فى الآية ٣٥ من سورة يس {لِيَأْكُلُوا مِنْ ثَمَرِهِ وَمَا عَمِلَتْهُ أَيْدِيهِمْ أَفَلَا يَشْكُرُونَ} و (أَو أن) بدلًا من (وَأن) فى سورة غافر آية ٢٦، ومما يذكر أن (أو أن) هى الواردة فى طبعة المصحف الرسمية {وَقَالَ فِرْعَوْنُ ذَرُونِي أَقْتُلْ مُوسَى وَلْيَدْعُ رَبَّهُ إِنِّي أَخَافُ أَنْ يُبَدِّلَ دِينَكُمْ أَوْ أَنْ يُظْهِرَ فِي الْأَرْضِ الْفَسَادَ} وهى خلافات صغيرة بطبيعة الحال وقد تكون نتيجة عدم دقة الناسخين.
لقد كانت حروف الهجاء العربية بما اعتراها من القصور فى ذلك الوقت هى التى استخدمت فى كتابة نسخ القرآن الأولى مما أدَّى إلى ظهور اختلافات فى القراءات وفى صلب النص، ففى خلال القرن الهجرى الأول كانت العربية تكتب بما يمكن أن نسميه الحروف الناقصة حيث كانت تستخدم الحروف الصامتة دون المتحركة، كما كان الرسم الواحد يستخدم للدلالة على صوتين (حرفين) فالرسم (د) كان ينطق دالا وذالا والرسم (ح) كان ينطق حاء وخاء وجيما والرسم (د) كان ينطق راء وزايا، والرسم (ب) كان ينطق باء وتاء وثاء وياء فلم يكن هناك إعجام على الحروف العربية وقتئذ (الإعجام هى النقط التى تميز بين أصوات الحروف ذات الرَّسم الواحد) وعلى القارئ أن يميز بين هذه الحروف وفقا للسياق، وهذا يعنى أنه حتى فى حالة الاتفاق على نطق الحروف الصامتة، فإن مشكلة أخرى تظل قائمة فبعض الأفعال يمكن أن تُقرأ بصيغة المبنى للمعلوم كما يمكن أن تُقرأ -فى الوقت نفسه-