بين المسلمين وجيرانهم من القبائل الأفريقية إلى اعتناق تلك القبائل للإسلام تدريجيًا بصورة بطيئة، ومنها الرنديل والبوران والجالا نفسها، ويمثل المسلمون اليوم ٩٠ % من أبناء تلك القبائل.
وهكذا أصبح قسم كبير من أراضى شرق أفريقيا يؤلف دائرة نفوذ إسلامية ضخمة فى الربع الأخير من القرن التاسع عشر، وكان قطب هذه الدائرة جزيرة زنجبار وقاعدتها التجارية، وأدى هذا إلى شيوع القول:"عندما يزمرون فى زنجبار يرقص الناس على شواطئ البحيرات الكبرى".
ولم يبد المسلمون انزعاجًا للنشاط التبشيرى فى المنطقة فى ذلك الحين، وأبدى التجار ترحيبًا بالمبشرين، وساعدوهم فى رحلاتهم إلى الداخل وعاونوهم فى إقامة إرسالياتهم، ولكن الترحيب انقلب إلى عداء عندما بدأ هؤلاء المبشرون يحاولون التدخل فى شؤون التجارة، خاصة تجارة العبيد. ففى يوجندا تفجر الصراع بين المسلمين والمسيحيين عندما بدأ المبشرون الكاثوليك والبروتستنت ينظرون إلى النفوذ الإسلامى فى بلاط الملك (الكاباكا) نظرة عدائية. وكان السعى إلى الهيمنة السياسية هو لب القضية: أى هل يجوز السماح للعرب المسلمين بالتفوق على القوة الأوربية المسيحية؟
فتح هذا الصراع بطبيعة الحال الباب أمام التدخل الأوربى السافر ففى ١٨٨٤ م وضعت ألمانيا عدة مناطق فى تنزانيا تحت حمايتها. وفى العام التالى، انتهزوا فرصة الصراعات السياسية المحلية والخلافات بين حكام المنطقة وأعلنوا حمايتهم على سلطنة واتو بناءً على طلب سلطانها الذى كان يرفض الاعتراف بسيادة سلطان زنجبار عليه.
وفى عام ١٨٨٦ م عقد الانجليز والألمان اتفاقية لتمزيق أوصال سلطنة زنجبار التى انحصر نفوذها بموجب هذه الاتفاقية على شريط عرضه عشرة