الحاج عمر بن سعيد الذى سد عليه الفرنسيون الطريق إلى وطنه فوتاتور Futa tora الواقعة فى السنغال الأدنى فوجه جهوده شرقًا نحو دولة البمبارا وهجم آنذاك على دولة حمد اللَّه الثيوقراطية التى لعنها لانحيازها لدولة بمبارا التى اعتبرها كافرة. ولكن خلف هذا الستار كمن صراع ضار بين جماعتين من الصوفية وهما القادرية فى مدينة حمد اللَّه والتيجانية التى يتزعمها الحاج عمر. وقدمت التيجانية نموذجا لطريقة أكثر قوة وأصولية وشعبية تتحدى به الطريقة الارستقراطية التى قامت على أساسها الطريقة القادرية، امتعض زعيم القادرية أحمد البكائى Ahmed Al Bakai " حفيد سيدى المختار الكونتى الأكبر" من العدوان الواقع على حمد اللَّه، فهب لمقاومة التهديد التيجانى للحاج عمر الذى قتل فى إحدى المعارك عام ١٨٦٤ م.
حكم "أحمد" ابن الحاج عمر قرابة ثلاثين عاما فى مدينة سيجو Segu عاصمة بمبارا السالفة، وقوى سلطانه بسبب جيشه المؤلف من أتباع توكولور Tokolor ومن المجندين الإلزاميين ضد المقاومة المستمرة للجماعات العرقية الداخلية. فاستغل القواد العسكريون الفرنسيون فى تقدمهم نحو نهر النيجر الخلافات الداخلية فى الإمبراطورية التيجانية بمدينة سيجو وأوقعوا بهم الهزيمة الأخيرة عام ١٨٩٣ م. وقد رحبت الجماعات العرقية غير المسلمة بتحررها من الحكم التيجانى، وارتد كثير ممن أجبرتهم التيجانية على الدخول فى الإسلام إلى سالف عهدهم.
وخلال الفترة الاستعمارية "عندما كانت جمهورية مالى الحالية معروفة باسم السودان الفرنسى" أحرز الإسلام تقدما ملحوظا بين أغلب الجماعات العرقية محققا انتصارًا على الذين نزحوا إلى المدن النامية والذين لحقوا بهجرة العمال الموسمية إلى أكثر المستعمرات ثراءً. ومع الطرق الأفضل والأكثر أمنًا زار المزيد من رجال الدين (الأولياء) القرى لهداية غير المسلمين وتقوية الدين بين المجتمعات الإسلامية