المنازعات يتم عن طريق "الجماعة" الخاصة بالقبيلة طبقا للعرف.
وكان من أوائل مهام سلطات الحماية إصلاح النظام القضائى. فشكلت لجنة لفحص أعمال القضاة المشبوهة.
وسمح بدءا من ١٩٢٤ م بتمثيل المتقاضين عن طريق "وكيل". أما المحامون فقد كان لهم الحق فى الترافع أمام المحاكم الاستئنافية.
أما المحاكم "المخزنية"، وهى محاكم الباشوات فى المدن والقادة بين القبائل، فقد نظمت بعدة قرارات أهمها الصادر فى ١٩١٨ م. وقد كان لمفوضى الدولة، وهم ممثلو سلطة الحماية، الحق فى مراقبة هذا القضاء، فيطلب إحالة النزاع إلى "المحاكم العليا الشريفة". وكانت المحاكم من هذا النوع ذات دائرتين، إحداهما استئنافية، والأخرى للنظر فى قضايا الجرائم الجسيمة، والتى يحققها القضاة من الدرجة الأدنى. وكان للباشوات فى المناطق البعيدة أعوان لهم نفس اختصاصهم القضائى.
وكان القضاء فى كل هذه المحاكم بناء على الشريعة، ولكن فى الأغلب. على العرف السائد.
أما فى مناطق البربر، فقد استمر اللجوء للقضاء المحلى. ومع تقدم الفرنسيين داخل البلاد كان القضاة يعينون، ولكن استمر اللجوء للقضاء المحلى الذى لم يكن يتقاضى رسوما. وقد نظر فى ١٩١٤ م فى العودة للقانون العرفى الذى قامت محاولة لتقنينه. وقد اتهمت فرنسا فى ذلك بمحاولة سلخ المغرب عن الإسلام، بينما لم تكن تحاول سوى تقنين الوضع السائد.
وكان لطائفة اليهود محاكمهم الخاصة. وكذا محكمة حاخامية عليا. كما كان الأجانب ومعهم بعض الوطنيين من ذوى الوضع الخاص يتمتعون بالامتيازات فتنظر منازعاتهم أمام المحاكم القنصلية. وقد حل محل هذه المحاكم محاكم خاصة للنظر فى منازعات الأجانب عامة فى كل من القسمين الفرنسى والأسبانى.