عمر بن الخطاب وفى المدينة أقام الحسن بن على، وزوجات الحسين وابنه محمد بن الحنفية بعد مأساة كربلاء، كما استقر فى المدينة عدد من القرشيين المكيين، واختلف الناس للمسجد النبوى ومساجد المدينة لمناقشة الأمور الدينية، ولعل أول مدرسة دينية مهمة فى المدينة كانت تلك التى أرسيت دعائمها فى المدينة رغم أن الباحث شاخت فى كتابه Origins of Muhammadan Jurisprudance يرى أنها لم تكن إلا امتدادًا للمدارس العراقية. وهناك إشارات كثيرة لفقهاء المدينة السبعة, وهم مجموعة علماء وافتهم منيتهم قبل سنة ١٠٦ هـ/ ٧١٨ م أو بعدها بقليل كان أهمهم عروة بن الزبير الذى كان أيضًا جامعًا لأحاديث الرسول صلى اللَّه عليه وسلم وكاتبًا لسيرته وكان من بين تلاميذه ابنه هشام ومحمد بن شهاب الزهرى (المتوفى ١٢٤ هـ/ ٧٤٢ م) وهناك أيضًا مالك بن أنس (المتوفى ١٧٩ هـ/ ٧٩٥ م) مؤسس المذهب المالكى، أما فى مجال الدراسات القرآنية فقد شهدت المدينة نافع الليثى (المتوفى ١٦٩ هـ/ ٧٨٥ م) الذى اعتمدت قراءته كواحدة من القراءات السبع.
ولم يبن سور حول المدينة إلا بعد أن فتح الفاطميون مصر، إذ شعر عضد الدولة البويهى باهمية ذلك خوفًا من استيلاء الفاطميين عليها. وفى سنة ٥٥٧ هـ/ ١١٦٢ م بنى نور الدين محمود سورًا آخر، له بوابات وبعد الفتح العثمانى أمر سليمان القانونى (١٥٢٠ - ١٥٦٦ م) ببناء أسوار بارتفاع حوالى اثنى عشر مترًا من الجرانيت والبازلت كما قام بإنشاء قناة مغطاة لجلب المياه العذبة للمدينة من الجنوب، وقد قام السلطان عبد العزيز (١٨٦١ - ١٨٧٦ م) بزيادة ارتفاع هذه الأسوار بمقدار خمسة وعشرين مترًا.
وتعرضت المدينة سنة ٦٥٤ هـ/ ١٢٥٦ م لتأثير انفجار بركانى وهزات أرضية لكن المقذوفات البركانية اتجهت شرقًا فشمالًا، وبذلك لم تصب المدينة بسوء، وفى سنة ١٨٠٤ م. استولى السلفيون الإصلاحيون