أتباع "تولوى" فى همجية وتوحش فى بداية (٦١٨ هـ/ ١٢٢١ م)، ويقال إنهم قتلوا ٣٠٠ ألفا أو ٧٠٠ ألفًا من أهلها. وبأخذ عنصر المبالغة فى الاعتبار، فمن المؤكد أن "مرو" تلقت لطمة قاسية زلزلت مكانتها، واستغرقت منها قرنين من الزمان حتى تشفى من آثارها. وفى منتصف القرن (الثامن الهجرى/ الرابع عشر الميلادى)، زحفت الرمال وغطت على الأرض الزراعية للواحة.
فماذا تبقى إذن من مدينة القرن (الثانى الهجرى/ الثامن الميلادى) إلى القرن (السابع الهجرى/ الثالث عشر الميلادى) أكثر من السور الذى ذكرناه بالفعل؟ لقد غطى الركام والربى والأكام موقع قلعة السلطان كله وكذلك مواقع المبانى القديمة.
وترتفع فى الوسط مثل النصب التذكارى للماضى العظيم قبة ضريح السلطان سنجر، التى تبرز كواحدة من أجل المبانى حتى القرن (السادس الهجرى/ الثانى عشر الميلادى) وهنا يبرز التساؤل عن وجود علاقة بين "دار الإمارة" مع القبة والأروقة الكثيرة ذات الأعمدة السابق ذكرها كانت "مرو" تضم فى تلك الفترة العديد من المبانى داخل منطقة "قلعة سلطان " وكذلك الكثير من المبانى خارج أسوارها، وخصوصا الضاحية الغربية. وفى سنة (١٠٨ هـ/ ١٤٠٦ م) سعى الحاكم التيمورى "شاهروخ" لكى تستعيد تلك المنطقة مكانتها المزدهرة والتى كانت يومًا واحة يانعة. وأعد خطة لذلك سارت على النحو التالى: أعيد بناء السد فى موقعه القديم وجرت المياه مرة أخرى فى قناته القديمة بيد أنه لم يكن رى إلا جزء واحد من الواحة. كما أعيد بناء المدينة، ولكن ليس على الموقع القديم لأنه لم يأت إحضار الماء بكميات وافرة إلى "قلعة السلطان". وتناظر مدينة "مرو" فى هذه الفترة المدنية القديمة "قلعة عبد اللَّه خان"(تنسب الأسطورة الشائعة بناء هذه القلعة إلى الشيبانى عبد اللَّه بن إسكندر)، وكانت مساحتها التى تغطى حوالى ثلاثمائة "بولا" مربعًا، أقل من مساحة "مرو" فى الحقبة المغولية. ولا يمكن مقارنة مدينة "مرو" فى هذه الفترة بتلك التى كانت فى فترة ما قبل