وعندما اقتربوا من معرة النعمان، خرج "معاذ بن سعيد" قائد هذه المنطقة لصدّهم، ولكنهم أخذوه أسيرا عند "البُرَاغيثى"(ومكانها غير معروف) مع جزء من جيشه. وقد أفرج عنه بعد ذلك أبو العباس أحمد بن سعيد، قائد حلب من بنى كلاب.
وفى عام ٣٣٢ هـ/ ٩٤٣ - ٩٤٤ م طرد الحسين بن سعيد، عم سيف الدولة، أبا العباس بن سعيد و"يانس" المؤنسى الكلابى من حلب ومر بمعرة النعمان وهو فى طريقه إلى حمص، على حين هرب "يانس" إلى مصر وفى شوال من عام ٣٣٣ هـ/ مايو - يونيه ٩٤٥ م غادر حاكم مصر الإخشيدى دمشق وزحف لقتال سيف الدولة؛ واستولى على معرة النعمان واستعمل "معاذ بن سعيد" واليا عليها للمرة الثانية، ولكنه قتل بعد ذلك بفترة قصيرة على يد سيف الدولة فى معركة "قُنَسرين" وفى عام ٣٤٨ هـ/ ٩٥٩ م إزداد القرامطة فى منطقة معرة النعمان، وخرج الوالى العُقَيلى شبيب بن جرير على رأس زمرة من هؤلاء المتمردين وزحف على دمشق، وفى نهاية عام ٣٥٧ هـ/ ٩٦٨ م، غزا "نقفور فوكاس" معرة النعمان، وخرّب مسجدها الكبير وهدم جزءا كبيرا من تحصيناتها. وفى بداية عام ٣٥٨ هـ/ ٩٦٩ م تم توقيع معاهدة سلام، وأصبحت المدينة من المدن التى فرضت عليها الجزية للبيزنطيين لكن الأخيرين لم تكن لديهم قوات كافية لتنفيذ الاتفاقية. واستطاع أبو المعالى ابن سيف الدولة أن يسترد المعرة.
وفى عام ٣٥٨ هـ/ ٩٦٠ م وفى الوقت الذى انسحب فيه البيزنطيون من منطقة حلب، جاء أبو المعالى إلى معرة النعمان الذى كان يُخطب له فيها باسمه. وفى أكتوبر من العام نفسه، وعند عودة البيزنطيين، لجأ أبو المعالى إلى معرة النعمان حيث تلقى التعزيزات والمؤن والعلف. وعيّن نائبا له هناك اسمه "زهير" -وهو أحد غلمان أبيه- وذهب إلى حمص -وعند عودته رفض زهير أن يفتح أبواب المدينة للأمير الحمدانى الذى صمم على أن يستخدم القوة وأخيرا طلب زهير الأمان وحصل عليه.