قوات المرتزقة كان ملكشاه قد صرفهم من الخدمة لضغط الإنفاق. وبمساندة هؤلاء الجنود قام تكش بتمرد ولكنه أخفق فى الاستيلاء على نيشابور واضطر للاستسلام، وعفا عنه السلطان. إلا أنه عاود الكرة بعد أربع سنوات، وفى هذه المرة لم يكن ملكشاه رحيما، فبعد اخضاع التمرد سمل عينى تكش وألقى به فى السجن. وقد أحدثت هذه الاجراءات القاسية أثرها داخل الأسرة السلجوقية التى لم تشهد أى تمرد بعد ذلك حتى نهاية حكم ملكشاه.
وتحقق السلام أيضًا على الحدود الشرقية بتسوية مؤقتة مع الدولة الغزنوية فى شرق أفغانستان والهند. فالصراعات على العرش فى بداية حكم ملكشاه أغرت إبراهيم بن مسعود سلطان غزنة بمحاولة استعادة الأراضى الغزنوية فى خراسان التى ضاعت منذ ثلاثين عاما, ولكن ملكشاه أرسل جيشا أعاد الوضع هناك إلى ما كان عليه (٤٦٥ هـ/ ١٠٧٣ م) ويبدو أن إبراهيم سلم بضياع تلك الأقاليم الغزنوية واقتنع بأن مستقبل دولته يكمن فى الشرق حيث الهند ومن ثم أصبحت العلاقات السلمية هى القاعدة بين الدولتين.
ومن ناحية أخرى ظلت العلاقات بين السلاجقة والقره خانيين سلمية حتى عام ٤٨٢/ ١٠٨٩ م عندما استنجد العلماء السُّنّة الساخطون فى بلاد ما وراء النهر بملكشاه مما دفعه إلى غزوها مرة أخرى وخلع أحمد خان صاحب سمرقند بسبب ميوله الإسماعيلية وتوغل ملكشاه حتى بلغ كاشغر وأرسل إلى ملكها هارون خان بن سليمان يدعوه إلى الدخول فى طاعته، رضخ الملك ومثل بين يدى ملكشاه وأعلن ولاءه له. وقد مثل الاعتراف بالسلاجقة فى هذه المنطقة ذروة الهيبة السلجوقية فى الشرق حيث انشغل الأمراء القره خانيون بالانقسامات العائلية التى أخضعتهم.
أما فى غرب الدولة السلجوقية فكان الموقف أكثر تعقيدا: فهناك منطقة من الامارات العربية المحلية والكردية الغيورة على استقلالها مختلطة بقادة من المماليك الأتراك الطموحين