المنامة وجزيرة المحرّق المجاورة لها تستعمل منذ زمن بعيد كمأوى صالح للحرف المحلية ولقد قيل فى كلمة "المنامة" أنه اسم له دلالة على عدد من هضاب للدفن ترجع إلى ما قبل التاريخ.
إن تاريخ المنامة القديم سيظل مغلفا بالغموض لقلة ما بين أيدينا من المصادر التى يمكن الوثوق بها بالإضافة إلى أن ما لدينا من البيانات مبهم ومضطرب، ولما استولى البرتغاليون على البحرين فى القرن العاشر الهجرى (السادس عشر الميلادى) شيدوا حصنهم على الساحل عند قلعة العجاج التى تبعد عن المنامة غربا مسافة تقرب من أربعة أميال، فلما جاء الفرس واستولوا عليها من البرتغال فى سنة ١٠١١ هـ (= ١٦٠٢ م) استولوا كذلك على المضيق لمدة قاربت مائة وثمانين سنة كانت غاصة بالاضطرابات، وبنى الفرس فى هذه الفترة موضعا حصينا على الجانب المائى من المنامة، فلما كانت سنة ١١٩٧ هـ (= ١٧٨٣ م) قامت عشيرة آل خليفة من قبيلة "عُتوب" وهاجمت الجزائر من "زُبارة" فى قطر، وبعد حصار دام مدة تقرب من شهرين غادر الفرس القلعة مطرودين.
أخذت المنامة فى خلال القرن التالى تتطور بالتدريج حتى أصبحت ميناء هاما للسلع والبضائع وتخدم معظم نواحى شبه الجزيرة العربية الشرقية رغم أن حظها كان فى تذبذب نتيجة للتقلبات السياسية وشدة أو ضعف المنازعات السياسية الإقليمية وعلى الرغم من أن المنامة أصبحت مركز الأرخبيل التجارى إلّا أن آل خليفة اعتادوا الإقامة فى المحرق التى كانت هى الأخرى الميناء الذى يستعمله أسطول الجزيرة الكبير المخصص لصيد اللؤلؤ وقد اعتادت الأسرة الحاكمة أن تقتصر على استعمال الحصن الموجود فى المنامة فى فترة معينة من السنة هى أشد شهور العام حرارة، ولم تصبح البلدة العاصمة الحقيقية للإمارة إلا منذ العقد الثانى من القرن العشرين.