شن حملة على ميناء "فونتى"(انظر أغادير) مرة أخرى ومحاصرتها والاستيلاء عليها فى ١٣ ذو القعدة ٩٤٧ هـ/ ١١ مارس ١٥٤١ م، وأخذ الأسرى المسيحيين إلى "ترودنت"، وتمكن "مولاى محمد"، عن طريق الأسلحة والذخيرة التى استولى عليها من إخضاع "البربر".
ونشب الصراع بين الشقيقين بسبب الاختلاف على اقتسام الغنائم. وهاجم "الأعرج" أخيه "محمد" وهزمه، فأضمر هذا الانتقام لنفسه، وأفلح فى سنة ٩٥١ هـ/ ١٥٤٤ م فى أن يستولى على "مراكش" ويأسر أخيه الأكبر وينفيه إلى "تفيلالت" هو وكل أتباعه، وأصبح السيد الأوحد على الأراضى التى يحكمها "السعديين"، ومن ثم عمل على وضع حد لنفوذ "الوطاسيين" وتوحيد المغرب تحت إمرته. وجاءت نتيجة المواجهة الأولى لمصلحته، وهى التى جرت وقائعها فى "أم الربيع" إلا أن المعاهدة التى أبرمت فى أعقابها، سرعان ما نقضت. ودعا "السعدى" خصمه للتسليم، وحينما أبى ذلك، هاجم "فاس" فى سنة ٩٥٢ هـ/ ١٥٤٥ م، وأسر حاكم المدينة "أحمد الوطاس".
ثم أطلق سراحه. وبينما تولى ابنه مقاليد الحكم فى العديد من المدن على الساحل الأطلسى، اضطر "مولاى محمد" الذى كان قد فقد "فاس" فى نفس الوقت، إلى أن يضرب حصارًا طويلًا حول المكان، ليستولى عليه فى ٢ محرم ٩٥٦ هـ/ ٣١ يناير ١٥٤٩ م. وهو الحدث البارز، الذى يتخذ كبداية لعهد هذه الأسرة الحاكمة.
واستعان "أبو حسان"، أحد أعمام "الوطاس" المهزوم "بالانكشاريين" فى الجزائر لمهاجمة "مولاى محمد الشيخ" والاستيلاء على "فاس" التى نهبها الأتراك (٩٦١ هـ/ ١٥٥٤ م)، لكن "الشيخ" سرعان ما استعاد العاصمة فى نفس السنة، وأعدم "أبو حسان" وأرسل برأسه إلى "مراكش".
فى سنة ٩٥٩/ ١٥٥٢، أرسل السلطان العثمانى "سليمان قانونى"(٩٢٦ - ٧٤ هـ/ ١٥٢٠ - ٦٦ م) محررًا فى شأن الحدود الشرقية للمغرب، إلى "مولاى محمد الشيخ"، الذى أساء