منذ سنة ١٨٨٠ م وبعد ثورة الخمينى فى إيران ١٩٧٨ حاربت الحكومة النقشبندية على الحدود بين إيران والعراق فانسحبوا إلى العراق، ومع ذلك فإن النقشبندية لا زالت قوية بين أكراد إيران. وانتشرت النقشبندية أيضا فى تركيا العثمانية بسبب ميلها للمذهب السنى، ولأن عددا من أتباعها فر هاربا من الاضطهاد الشيعى فى إيران وكان أول نقشبندى كثر أتباعه فى تركيا هو الملا عبد اللَّه (توفى ٨٩٥ هـ/ ١٤٩٠ م) وقد أنشا أول مركز للنقشبندية فى جامع زيريك فى استنبول، وتدعم مركز النقشبندية فى تركيا انتقال عدد من النقشبندية الهنود إلى استنبول، وحتى أواخر القرن التاسع عشر كانت مكة المكرمة مركزا لنشر هذه الطريقة، واحتفظت الطريقة بأهميتها وأتباعها الذين زاد عددهم منذ الربع الأول من القرن التاسع عشر فصاعدا حتى بعد إلغاء الطرق الصوفية من الناحية الرسمية.
أما فى الهند فقد دخلت النقشبندية على يد خواجا (المعلم) باقى باللَّه (٩٧٢ - ١٠١٢ هـ/ ١٥٦٤ - ١٦٠٣ م)، وأصبحت عاملا مؤثرا فى حياة المسلمين فى الهند، بل وظلت طيلة قرنين الطريقة الروحية الرئيسية فى البلاد. . وبالرغم من أن "باقى باللَّه" مات فى سن الأربعين إلا أنه ترك تأثيرًا عميقا على حياة الشعب بسبب أساليبه المتواضعة وروحه الإنسانية العميقة.
وقد اجتذب إليه كلا من الشخصيات الدينية والسياسية. . وقد كان يؤمن بوحدة الوجود، وقد عبر عن مشاعره تجاه الكون (الكونية) فى أشعار روحانية تحت عنوان "عرفانياتى باقى". . وقد برز من تلاميذه اثنان هما الشيخ أحمد سرهندى، المعروف "بمجدد الألف الثانى" وقد نشر الطريقة على نطاق واسع حتى أن مريديه وصلوا إلى كل مدينة ومحلة فى الهند. . والشيخ عبد الحق (من دهلى) المتوفى عام ١٩٤٢ م، والذى عرف بالمحدث نظرًا لإسهاماته فى تبسيط دراسة الحديث فى الهند.
انسلخ عن التعاليم الصوفية السابقة فى الهند برفضه لمبدأ واحدة الوجود، واستبدل به نظرية وحدة الشهود (أى