سلطان بهادر شاه حجرات، فغادر أجرا فى فبراير ١٥٣٥ م، والتقى جيشه بجيش عدده وتمت محاصرة بهادر شاه فى "مَنْدسور" الذى اضطر بعد شهرين من القتال إلى ترك جيشه والفرار إلى "مندو" التى خرّبها همايون الذى راح يطارده حتى اضطره للهروب بحرا إلى "دِيون"، وتمكن همايون من التغلب على الحجراتين الذين كانوا بقيادة "عماد الملك" وحينذاك عهد بها إلى "عسكرى" الذى ما لبث أن تركها فى مايو ١٥٣٦ م وراح هو وهمايون يتسابقان للاستيلاء على "أجرا" فلما تمكن من الاستيلاء عليها أقام بها عامًا غادرها بعده للقضاء على قوة "شيرخان صور" المتنامية فى شرقى الهند فدخلها ففر منه شيرخان الذى مالبث أن عاد فهزم قوات همايون مغتنما فرصة الاضطرابات والمنازعات الأسرية بين همايون وبين أخويه "هنداك" و"عسكرى" وجرت أحداث أدت إلى قتال لم ينجح فيه همايون إلّا بشق النفس، وانتهى الأمر أخيرًا بفراره ملتمسا حماية شاه طهماسب له واستضافته إياه، وأمضى سنة فى إيران، واستقبل استقبالًا ملوكيا فى "هرات" وسافر فزار قبر الإمام الرضا بمشهد، ومن هناك مضى إلى نيسابور حتى بلغ قزويين حيث لحق بمعسكر "شاه طهماسب" فى منتجعة الصيفى فى أغسطس ١٥٤٤ م حيث أهدى إلى طهماسب جوهرته العظمى واضطر لتوقيع أوراق أعلن فيها اعتناقه المذهب الشيعى، وبقى معه قرابة شهرين، فلما رحل عنه رحل وفى صحبته اثنا عشر ألف من الجند الفارسى لمساعدته، فزار فى سفره هذا "تبريز" و"أردبيل" ثم عاد إلى فهد فى رمضان.
ولما كان محرم ٩٥٢ هـ (= مارس ١٥٤٥ م) وصل إلى "قندهار" لكن احتلها "عسكرى" فى سبتمبر بقواته الفارسية غير أن "همايون" استطاع استردادها من أيدى العسكر الفارسى بعد ذلك بشهر واحد، ثم تابع زحفه إلى "كابل" واستولى عليها دون قتال فى نوفمبر ١٥٤٥ م، ثم مضى إلى "بْدَخَشان" إلّا أن المرض داهمه فى الخريف، ومالبث أن عقد الصلح مع "سليمان حرزا" وزحف إلى كابل فى