وخلفه ابنه المستنصر، قرَّب ابن الأبار واستمع لنصحه، ولكنه أغضبه وحاشيته بسلوكه حتى اضطر آخر الأمر إلى تعذيبه. ووُجد بين ما صودر من مصنفاته قصيدة فى هجاء السلطان أغضبته غضبًا شديدًا فأمر به أن يقتل طعنًا بالحراب.
ومات ابن الأبار فى صبيحة الثلاثاء ٢٠ من المحرم ٦٥٨ هـ (٦ يناير ١٢٦٠ م)، وفى اليوم التالى أحرق رفاته ومصنفاته وأشعاره وإجازاته العلمية فى محرقة واحدة. وصنف ابن الأبار - وهو الملقب "بالفأر" لأسباب مجهولة- عدة كتب فى التاريخ والحديث والأدب والشعر، لم يبق منها إلا المصنفات الآتية: